当前，尽管财政部和国家发改委等部门不断出台PPP新政策，但笔者通过以往操作实践注意到，PPP项目与现有中国法律制度的多方面冲突问题，仍未得到有效的解决，社会投资人在项目的运作中处境尴尬。
1与土地制度的冲突
依照现行土地政策，土地使用权的获得包括无偿划拨、有偿出让等方式。有偿出让方式又可细分为招标、拍卖、挂牌和协议出让，而针对工业、商业、旅游、娱乐和商品住宅等经营性用地，法律硬性规定采用招拍挂公开出让土地使用权方式。
针对含经营性的PPP项目，若依照中国目前的土地制度，极有可能出现政府一方面通过招标、竞争性谈判、直接授予等方式选择PPP项目社会投资人，另一方面又不得不通过招拍挂公开方式出让PPP项目的经营性用地，从而造成社会投资人虽中标PPP项目却无法获得所需的土地使用权。这种冲突在轨道交通和沿线土地综合一体开发的PPP项目中表现尤为明显。
2与税收制度的冲突
地方政府在一些PPP项目招标文件或与社会投资人签订的投资协议中承诺某些税收优惠政策，但由于税务主管部门实行中央、省、市、县的垂直领导且税收优惠承诺缺乏税收制度法律层面的支持，在实践中税收优惠政策常常不被税务主管部门接受。在笔者提供法律服务的某一体育场馆PPP项目中，就出现了地方税务部门拒绝接受政府关于项目免征土地增值税的承诺，而要求社会投资人缴税的情况。
这个冲突造成政府承诺的税收优惠条件成了“纸上画饼”。这不仅大大打击社会投资人的投资热情和对当地投资环境的信心，而且严重影响了政府的诚信。
3与价格制度的冲突
社会投资人投资的BOT项目中运营环节的收益为社会投资人的核心收入来源，项目运营价格的制定和调整方式直接影响社会投资人的投资回报。但对于直接关系到社会公共利益的BOT项目，比如轨道交通、高速公路等道路基础设施和污水处理等项目，其定价和调整必须经地方政府和物价部门批准确定，社会投资人在决定收费标准时自主权非常小，处于弱势地位，难以根据运营成本或市场供求变化自行及时调整，并且由于收费标准调整的期限较长，一旦确定便在一个固定时期内无法进行调整，将在一定程度上影响社会投资人的营运收入。
较为典型的案例是北京地铁四号线。其项目合同约定运营票价实行政府定价管理，采用计程票制。在特许期内，北京市政府根据相关法律法规、本着同网同价的原则，制定并颁布四号线运营票价政策，并根据社会经济发展状况适时调整票价。而实际情况是，四号线开通五年多以后，运营票价方才由单一票价调整为阶梯票价，告别2元随便坐的时代。
4与国有股权转让制度的冲突
BT投融资模式下的回购分为资产回购和股权回购两种。在全部项目投资均由投资人负责的BT项目中，通常以资产回购的方式进行(或回购100%的股权)，但在投资人投资只占其中一部分的项目中，回购则只能以股权回购的方式体现，但此种情况，应未改变BT投融资的本质特征。
根据《企业国有产权转让管理暂行办法》的规定，国有资产和国有股权的性质一样，都为国有产权。按规定，两者的转让都应通过产权交易所挂牌转让。如果说实践中从监管部门到业内，大家都认可了BT项目在以资产方式进行回购中可以突破现有规定不通过挂牌转让的话，应该也可以接受在以股权方式进行回购时无须进场挂牌转让。事实上，在直接按双方约定进行转让的过程中，并不存在国有资产流失和国有产权转让暗箱操作的问题。而挂牌方式无法真实反映投资人股权投资的全部回报，因为在BT项目中，股权投资回报的绝大部分，是通过施工利润的方式来实现的。
因此，BT项目中的股权回购与通常意义上单纯的股权回购存在很大差异。以股权转让价款的支付为例，实践中BT项目的股权回购款通常在工程交工验收后的3到5年内付清;有些项目甚至在股权回购前的建设期即开始偿还利息部分。凡此种种，都与《企业国有产权转让管理暂行办法》所要求的一年内付清全部股权转让价款大相径庭。如果硬套进场挂牌的要求，势必削足适履，采用阴阳合同委曲求全，实际上也违反了现有规定，还给项目实施带来极大不便。
除上述四种冲突外，在立项、预算制度、政府采购制度、招投标制度、担保制度等亦存在冲突，期望相关立法部门将来制定法律效力层级更高的PPP规定，并能够综合考虑PPP项目的特点，有效将其与现有法律制度进行衔接，避免各方在实施过程中面对诸多冲突而无所适从。