新三板市盈率已逐步走高，从去年的平均30倍到今年3月的50多倍。而其中又以做市转让的市盈率为高(目前已经超过60倍)。从上图中也可看出，做市转让的股票提升幅度也是最大的，翻了一倍有余。
业内人士预计，新三板市盈率的涨势仍会继续，这是从台湾兴柜市场、美国纳斯达克借鉴而出的结论：2014年10月份兴柜市场整个股票平均的市盈率是141倍，同期上柜的股票平均市盈率是25倍。而在2013年兴柜市场刚刚成立的时候，它的倍率只有42倍，到了2014年是141倍，整个翻了3.36倍。纳斯达克的估值水平也远高于标普。因此，新三板未来估值应有进一步走高空间，有望超过主板。
根据规定，新三板符合条件的挂牌企业必须拥有两家以上做市商为其做市。业内人士分析认为，这意味着在做市商阶段，企业的估值、买卖价都不再由一家券商说了算，在多家做市商都在报价的情况下，如果估值不客观，不仅难赢得投资者，也会遭遇挂牌企业的不满，进而丧失做市商业务，甚至引发自营亏损。那么，从做市商角度，应如何给新三板估值呢?
首先，市盈率是一个非常重要的指标。市盈率是很具参考价值的股市指针，投资者通常利用该比例值估量某股票的投资价值，或者用该指标在不同公司的股票之间进行比较，在投资决策中占有重要的地位。简单来讲，做市商会通过自己的专业能力，根据企业的业绩以及二级市场的平均市盈率给挂牌企业一个合理的估值。
不过，也有业内人士指出，对于新三板公司的估值，不能简单套用市盈率，因其受业绩波动的影响非常大，而处于成长期的公司更是如此。针对新三板的新兴高科技、小微、初创、成长公司，必须有新的估值体系，兼及行业与公司个体的具体情况，去正确评估公司未来的成长空间。
针对这一问题，许多券商已经成立新三板研究小组，以应对估值这一核心挑战。例如申银万国就走在了前面：2012年4月，申银万国证券场外市场总部和申银万国证券研究所有限公司联合成立新三板估值体系研究小组，并于2013年4月形成新三板市场估值方法基础框架，7月完成新三板市场估值体系设计细节及实证研究。除了申万，许多其他券商也纷纷着手成立类似组织，争取赶上新三板这列快车。当然，由于新三板做市制度之建立尚未满一年，许多经验还有待完善，因此做市商对新三板估值的研究可谓刚刚起步，还有待未来持续不断的努力。