一、纳税收入与会计收入的差异问题
纳税收入主要包括流转税纳税收入和企业所得税纳税收入，以销售商品的增值税一般纳税人为例，流转税收入体现于《增值税纳税申报表》，企业所得税收入体现于《企业所得税年度纳税申报表》。在很多IPO公司中，决定进行IPO之前会计报表主要用于纳税需求，往往采用开票确认收入的方法，并始终保持增值税和企业所得税申报的收入与原始报表上的会计收入一致。进入IPO程序后，增值税收入和企业所得税收入均应以其纳税规则确认，而收入确认则需要严格遵循企业会计准则的规定。
根据《增值税暂行条例实施细则》的规定，增值税主要采用销售结算方式来确认纳税义务，同时《国家税务总局公告2011年第40号》规定了“先开具发票的，为开具发票的当天”的开票即纳税原则。企业所得税中的收入依据《国家税务总局关于确认企业所得税收入若干问题的通知》的规定确认，从原则上与会计准则的收入确认方法基本相同，即在确认收入时以权责发生制为基础，注重商品风险转移，而不过多考虑结算方式。
基于上述纳税收入原则，如果不考虑可能存在的非增值税应税业务，增值税纳税收入与会计收入的确认原则分属两个不同体系，同一期间确认的收入结果存在差异是很正常的，而企业所得税纳税收入口径与会计收入往往是一致的，所以通常直接取自会计报表中的不同类别收入进行申报。
实务中，IPO公司在纳税申报和确认收入方面应注意以下几点：
1、坚持纳税与会计分离原则，纳税收入按纳税规则处理，会计收入按会计准则处理，存在持续的差异是正常的。如果仍然坚持开票确认，申报报表则需要对原始报表进行持续的差错更正，两者之间很可能会存在持续性的重大差异。
2、应制定合理的核算规则，实时掌握纳税与会计确认的税金差异情况，对于提前开票和滞后开票的，确认收入时应进行调整，纳税不重不漏。
3、对于产品销售业务，应坚持出货开票的原则，不提前或滞后开票，尽量减少增值税收入与会计收入之间的差异。
二、报告期内的补税问题
申报财务报表对原始报表进行的差错更正中，如果涉及收入和利润的调整，往往会有流转税和企业所得税的补缴问题。当期补缴前期税款，属于“自查补税”行为，除收取滞纳金外，税务主管部门一般不会进行处罚。
报告期内补税的性质和金额，决定是补税行为是否构成审核中的实质障碍，补税的性质和金额，是由相关会计差错的性质和金额所决定的。
1、补税的性质
会计差错的性质，可以分为错误引起的差错和舞弊引起的差错两类。错误引起的差错，主要包括会计方法使用不当、会计未及时处理业务引起的跨期确认等所形成的差错；舞弊引起的差错，主要指前期由于避税的考虑，隐匿收入或虚构成本，导致收入和利润少计所形成的差错。错误引起的补税是容易理解的，但如果涉嫌前期逃税，那么补税的性质是比较恶劣的。
2、补税的金额
如果补税金额超过相关期间应交税金的一半甚至更多，那么说明差错和补税具有重要性。从差错性质上看，错误还是舞弊有时候并不太容易界定，但正常的错误一般不会形成巨大的补税，补税金额过大，往往可以判断为与舞弊存在关联。
综合补税的性质和金额，金额过大的或明显源于舞弊的，一方面，不符合首发办法关于依法纳税的规定，另一方面，重大的补税源于重大的会计差错，而重大会计差错往往内部控制存在重大缺陷。
重大的补税实质上违反了首发办法的相关规定，往往会形成审核中的实质障碍，所以报告期内应尽量杜绝或减少差错更正和补税事项。
三、核定征收企业所得税问题
企业所得税的“核定征收”，是指由于纳税人的应当设置但未设置账薄的，或者虽设置账簿，但账目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以通过查账准确确定纳税人应纳税额时，由税务机关采用合理的方法依法核定纳税人应纳税款的一种征收方式。与核定征收相对应即是一般正规企业所采取的企业所得税“查帐征收”。在实务中，一些企业在账册齐全的情况下，为尽可能的规避企业所得税，也存在核定征收企业所得税的情形，核定征收实际上变质成了一种变相的税收优惠。
对于IPO公司本身或其重要的子公司，如果报告期内存在核定征收，那么是否符合税法规定，是很难自圆其说的。
1、如果自认为符合核定征收的条件，即是承认了账目混乱，无法准确核实收入费用等前提条件，那么公司的会计信息基础根本无从谈起，其提供的财务报表的真实性也无法保证。
2、如果自认为内控有效，可以准确核实收入成本，那么就不符合核定征收的条件，未能依法纳税，有偷漏企业所得税的嫌疑。
实务中，凡核定征收的公司，由于成本费用对其纳税毫无意义，所以一般很难主动的去建立有效的核算体系。
综上，报告期内，IPO公司本身或其重要的子公司不能存在核定征收的情况，如果存在，则应在报告期第一年开始执行查账征收。此外，由于IPO公司往往自认为报告期外的财务也具有规范性，即隐含的意思是并不实质符合核定征收的条件，所以实务中往往需要对以前年度的核定征收按照查账征收的标准进行测算税收差额。该差额是否补缴，一是考虑发生的年度，如果年代久远，一般不需要再补缴，如果报告期外2年以内，则补缴的可能性较大；二是考虑税务主管部门的态度，如果税务部门认为公司的行为并不违规，亦不会再追缴税款，一般情况下也不需要再补缴。
四、税收优惠依赖问题
IPO公司对税收优惠的依赖，主要是流转税中的增值税退税以及企业所得税的优惠税率，流转税中的增值税退税，包括销售软件产品退税、销售农业产品退税，销售军品退税，以及销售废旧物资退税等；所得税优惠，包括高新技术企业优惠税率、软件企业优惠税率，农业企业优惠税率、西部大开发企业优惠税率等等。
首发办法规定，IPO公司的各项税收优惠符合相关法律法规的规定，经营成果对税收优惠不能存在严重依赖。实务中，税收优惠依赖应关注下述几个方面：
1、税收优惠的合法性
合法的税收优惠都明确有国家税务层面的文件依据，地方性的一些税收优惠政策并不符合法律法规，实质上属于地方财政的返还或奖励。尽管收到的税收优惠都计入营业外收入，但合法的税收优惠形成的营业外收入不属于非经常性损益，利润指标中无需扣除，不合法的税收优惠属于非经常性损益，利润指标中应予以扣除
2、税收优惠的持续性
税收优惠在可预见期间内可以持续享受，比如，持续满足高新技术企业资格而享受15%的企业所得税税率，国家长期扶持自主软件研发故增值税返政策能够持续享有等，能够有利的保证IPO公司的持续盈利能力。如果税收优惠不能持续，则可能对IPO公司的持续盈利能力在短期内造成不利影响。
3、税收优惠占净利润的比例
对税收优惠的依赖，主要体现于其占净利润的比例。如果占净利润的比例超过一半甚至更高，或者高于同行业水平，且假定其未享受税收优惠的条件下，报告期内盈利能力较差甚至亏损，则很可能税收优惠依赖会成为审核过程中的实质性障碍。如果虽然占净利润比例比较高，但假定其未享受税收优惠的条件下，报告期内IPO公司仍然具有较强的盈利能力，则一般也不视作存在税收