企业并购活动的复杂性决定了结构设计方法的复杂性、多样性。例如，购并目标的选择最早是借用经济学、商品学的一些方法，如产品生命周期法、经验曲线法、PIMS（市场战略的盈利效果）方法。后来发展到指导性政策矩阵等。在资产评估环节则有原值法、收益现值法、重置成本法、市价法，比较法等多种经验方法。并购的财务评价环节有内部收益率法，亦有净现值法。与这些环节相比，结构设计过程所使用的方法通常不能用某一种或某几种已知的方法概括，尽管运筹学和计量经济学中的一些方法如优选法，线性及非线性规划，概率论等是结构设计人员在方法论方面的必备知识，但远远不够。例如某企业的产品热销，需尽快扩大生产规模，提高市场占有率。此时可考虑的途径有委托加工、合资建厂、收购同类厂、收购同类厂的数条生产线、租用同类厂的生产线等等。此时即可用优选法或统筹法在各种途径中选择最佳方式。经分析，委托加工可能导致专有技术（Know—How）泄密，产品质量亦难把握；合资建厂，建设周期太长，可能丧失市场机会；收购同类厂和收购生产线都可达到迅速扩张生产能力的目的，但两种购买结构到底选择哪种，还将取决于目标企业状况和收购企业的支付能力。若目标企业规模不大，且经营状况尚可、负债率不高，可考虑一次买断；若企业规模较大或负债率很高，在考虑购买生产线或企业时可设计渐进的购买结构，如若购买生产线，可考虑先租后买或先买生产线后买企业，或先剥离一部分资产再购买，在支付方式上，若企业资金流量很大，可考虑现金收购，否则可以考虑换股，利润补偿等方式减少现金支付。
上述例子属单目标收购行为，因而在结构设计方法上并不复杂，现实中有相当多的上市公司或欲出售企业的“包装”是采用单目标结构设计，即将企业对市场或对投资者最有吸引力的部分（技术、厂房、设备、市场网络）凸出，同时将不良资产要素剥离。若收购目的是多元化的战略性行为，则通常要借用计量经济模型、多元非线性规划，博弈论去解决购并结构的基本框架设计问题。然而，不论结构设计的约束条件多与少，通常都不能单纯凭借一般的数学工具或模型完成，它更多地依赖的是人的智力和经验，而不是既定的规范和流程。
五、几种主要形式
1、购买企业与购买企业财产
虽然企业购并通常被理解为企业的买卖，但在现实中，存在两种不同的情况，一种最终交割的是企业，一种最终交割的是企业资产，收购企业和购买资产不仅在法律上是两个不同的概念，在财务、税务，操作程序中亦有很大区别。
从法律角度看，所谓购买企业就是将企业或公司作为一个整体来购买。作为法人，企业或公司不仅拥有一定法人财产，同时也是多种契约的承担者，购买企业不仅是法人财产产权的转让，也是有关契约之权利、责任的转让。购买资产一般只包括企业的固定资产、工业产权、专有技术、经营许可、营销网点等。购买财产时，契约的转让要经过认真选择。若收购过程中，法律评价认为该企业在某些合同或契约中处于不利地位，可能会导致法律纠纷或涉及诉讼，买方就应该选择购买财产而不是购买企业。购买财产后重新注册一家公司即可有效规避与原公司相关的法律诉讼。
从税务角度来看，购买企业与购买资产的主要差别在印花税和所得税上。若购买企业，原则上可享受原来的累计亏损，以之冲减利润，减少现期所得税支出。在我国，所购买企业若保留法人地位，则其累计亏损要用以后多年经营利润抵补，而不能用收购企业的利润抵补，因此，所得税方面的好处不能在现期实现。购买企业和购买资产的印花税在国外按不同税率执行，前者很低，一般为价格的0．5％，后者则高达5％～6％。在我国，两者均为万分之零点五。将来企业或资产的再出售需缴纳增值税，国内外两者之间区别不大。在我国，企业资产评估的增值部分在产权转让中形成的净收益或净损失计入应纳税所得额，征收所得税。此外，折旧计提基数的变化会影响税务，因为购买企业是按原企业账面净资产核定计提基数；而购买资产则按成交价格重新核定折旧基数。
从流动资产的处置角度看，购买企业通常要包括流动资产，如应收账款、应付账款、库存、产成品、原料等。购买资产则不包括流动资产，由于此部分资产与生产过程密不可分，因而通常采取买卖双方签订委托代理协议，由买方代卖方处理应收库存、收取手续费，或以来料加工方式处理卖方的原料，收取加工费。
从总体上看，购买企业通常要涉及很多复杂的财务、税务及法律问题，需要投入较多的时间、费用。购买资产则相对简单。我同现阶段企业并购中，两种购买结构区别较小，许多情况下，买方只看重卖方的部分资产，但却采用了收购企业的方式，如上海第一食品商店收购上海帽厂、上海时装厂；北京东安集团兼并北京手表二厂均是看重目标企业的厂房、厂址。
2、购买股份
通过购买股份兼并企业是发达商品经济中最常用的方式，买方既可以从股东手中购买股份，亦可通过购买企业新发行的股份来获得股权，但两种购买结构对买方有不同的影响。
首先购买股份可以买控股权，也可以全向收购。而购买新股只能买到控股权而不能全向收购。从买方支付的资金情况看，同样是收购控股权，通过购买新股比购买现股东卖出的股份要多花一倍的钱，且日后公司再发新股或股东增股（Right Issue），买方还要相应投入，否则股权将被稀释（Di1ution），可能由此丧失控股权。但购买新股对买方的益处在于投入的资金落在企业，仍由自己控制和使用，而购买原股份，则买方投入的资金落在股东手中。因此，购买原股东手中的股份易为大股东接受，购买新股则比较受小股东和股市的欢迎。在我国存在以所有者划分的股权类别即国家股，法人股、社会公众股、内部职工股等。各类股份流通的方式不同，价格差异也很大，这使结构设计更加复杂，也更为重要。购买一家上市公司的控股权至少可选择四种方式：①购买国家股；②购买法人股；③购买社会公众股；④几种股份组合。四种方式中第三种方式最困难且支付的成本最高。第一种方式所受行政因素影响最大，购买价格尽管远远低于公众股价格，但通常不会低于公司账面净资产。第二种方式谈判余地最大。谈判余地一方面表现在支付价格上，可能高于亦可能低于公司的每股净资产；另一方面，支付方式可以比较灵活，如支付等价可以用现金、股票、股权，亦可用实物资产、土地等；支付时间可即期亦可分期、延期。
购买股份模式的一种特殊方式是吸收兼并（Take Over）。所谓吸收兼并是指被兼并企业以净资产作为股金投入买方，原企业以“壳”公司的形式存在并成为买方的股东。在我国，被吸收的企业消失，其原行政主管部门或国有资产管理部门成为吸收方的股东，目前，地方政府为充分利用“扩大上市规模，限制企业数量”的上市政策，通常会采用吸收合并方式“包装”企业。
3、购买部分股份加期权
企业在实施购并过程中往往对目标企业某些方面不甚满意，或认为存在若干不确定因素可能导致购并后的业务整合难以实现，如管理人员的潜质及合作态度、新产品的市场前景、区域性经济环境对企业的影响等，特别是对于初次进人某一领域（行业或地区）的公司而言，他们对行业总体供求、市场周期，竞争者情况等缺少判断把握的能力，若贸然接手，可能导致巨大风险。出于稳健的原则，购买部分股权加期权（0ion）正是为解决上述问题而设计的购买结构，此结构实际上是一种分步收购方案。具体做法是：在与卖方签订购买部分股份协议的同时，订立购买期权的合约（明确数量，价格，有效期，实施条件等）。