新三板挂牌一项复杂的系统工程，需要在各个方面满足上市的规范要求，而财务问题往往直接关系着成败。因此，尽职调查中对发现的财务问题要帮助企业认真进行梳理，解决企业中存在的疑难问题。
一、货币资金
比如公司外部账面体现银行账户和内部账体现银行账户数量不符，内账多开具的银行账户为企业处理账外收入支出及无正规票据业务的银行账户。建议向银行索取企业开户情况表(贷款卡记录)，核对银行账户开立情况，并由会计牵头与出纳员对公司近年开具的所有银行账户进行逐项核对，调整账务处理错误及账务处理不及时的业务，确保银行存款做到账表、账实、账目与银行对账单相符。
二、其他应收账款
外部账面和内部账面其他应收款不符。一般要求公司财务人员以公司外部账目为基础进行调整，还原公司真实的其他应收款。对于个人借款部分，需要在正式审计之前全部处理完毕。对于民间借贷资金利息部分，索取正规发票，进行销账处理。对于财政补贴收入符合规定的部分结转至营业外收入。对于企业银行贷款倒账部分，由财务人员与各往来单位逐笔核算，调整还原至真实的往来余额。
三、应收帐款
公司外部账面和内部账面应收账款不符。比如公司应收账款部分存在坏账并未计提减值准备，同时部分应收账款实际已经回款，而公司账面没有进行销账处理。建议由公司财务人员对应收账款明细进行逐项梳理，对已回款部分进行销账处理，对已确认的坏账进行核销或计提坏账准备。同时要求公司对应收账款、其他应收款制定相关会计政策，合理确定坏账准备的计提方法。
四、预付账款
公司外部账面预付账款余额和内部账面体现预付账款余额不符。预付账款账面未进行明细项目核算，无相关合同等补充资料，无法明确款项明细，无法分析账龄及确认各项预付账款债务人的真实性。建议对年预付账款项目进行明细核算，调整以前年度的预付账款。同时要求企业确认是否存在银行贷款套现业务。
五、存货
涉及的问题一般包括公司无存货定期盘点制度，实物管理与账面是否吻合存在不确定性;公司财务核算未制定存货减值的计提方面的规定，部分已存在减值的情况但未计提跌价准备;存在体外循环的存货。建议对公司的存货进行全面的盘点清查，已经盘点情况调整账目存货，切实做到账实相符;制定存货减值的核算办法，对存货计提存货跌价准备;对体外循环的存货纳入账内核算;建立健全存货收、发计价;存货实物流转制度，完善存货的核算。
六、固定资产
公司外部账目固定资产余额与内部账目固定资产余额不符。公司无固定资产定期盘点制度，实物管理与账面不吻合，存在盘亏资产未处理的情况;公司财务核算未制定固定资产减值的计提方面的规定，部分存在已存在减值的情况但未计提减值准备;存在白条购入体外循环的固定资产;对固定资产未建立固定资产台账或固定资产卡片账，导致资产实物无法与财务账面对应。建议对公司的固定资产进行全面的盘点清查，切实做到账实相符;制定固定资产减值的核算办法，对固定资产计提减值准备;对体外循环的固定资产进行评估入账内处理;要求公司减值固定资产台账或固定资产卡片账，便于企业进行实物管理。
七、待处理财产损益
对形成的原因及形成的时间无法落实清楚的，建议将该部分待处理财产损益结转至营业外支出处理。
八、短期借款
短期借款内外账不符;企业外部账面短期借款余额中不包含企业民间借贷的款项。建议要求企业到银行打印企业贷款卡记录，按照企业贷款卡的实际情况，以外部账面数为基础，将企业的短期借款调整为实际的短期借款;将企业民间借贷的款项，已经实际调整纳入账内核算。
九、收入确认和成本核算
一般有如下几方面问题，公司未按照企业会计准则中关于收入确认的原则的相关规定进行收入核算，而是以企业实际开具的税务发票金额确认收入实现;公司内外账收入、成本确认形成差额的原因为部分未开具发票的收入、成本未纳入账内核算，同时外、内账收入确认原则不同;内外账收入、成本确认形成的差额主要原因为企业出租资质，为其他公司走账行成。建议要求企业严格按照企业会计准则中收入确认原则的规定进行收入确认，对实际已完工，未开具发票的收入调整计入当期;对于已实现未开票的账外收入，纳入账内核算同时补交相关税金。
十、会计政策适用问题
拟挂牌企业在适用会计政策方面常见问题主要体现在：一方面是错误和不当适用，另一方面是适用会计政策没有保持一贯性。对于第一类问题务必纠正和调整，第二类问题则要注重选择和坚持。
十一、会计基础重视问题
运行规范，是企业挂牌新三板的一项基本要求，当然也包括财务规范。拟挂牌企业，特别是民营企业，在会计基础方面存在两个方面的问题，一方面是有“规”不依;另一方面是“内外”不一。这不仅让企业的运行质量和外在形象大打折扣，还势必影响好企业挂牌，当然更会影响企业今后的IPO。建议严格执行相关会计准则，充分认识到规范不是成本，而是收益，养成将所有经济业务事项纳入统一的一套报账体系内的意识和习惯。
十二、内部控制提升问题
企业内部控制是主办券商尽职调查和内核时关注的重点，也是证券业协会等主管备案审查的机构评价的核心。从内部控制的范围来看，包括融资控制、投资控制、费用控制、盈利控制、资金控制、分配控制、风险控制等;从内部控制的途径来看，包括公司治理机制、职责授权控制、预算控制制度、业务程序控制、道德风险控制、不相容职务分离控制等。一般来说，内部控制的类型分为约束型控制(或集权型控制)和激励型控制(或分权型控制)。通常情况下，中小型企业以前者为主，规模型企业可采取后者。
十三、企业盈利规划问题
虽然新三板挂牌条件中并无明确的财务指标要求，对企业是否盈利也无硬性规定，但对于企业进入资本市场的客观需要来说，企业盈利的持续性、合理性和成长性都显得至关重要。因此，要对企业盈利提前规划，并从政策适用、市场配套、费用分配、成本核算各方面提供系统保障。
十四、资本负债结构问题
以最为典型的资产负债率为例，过高将被视为企业偿债能力低、抗风险能力弱，很难满足挂牌条件，但过低也不一定能顺利通过挂牌审核，因为审批部门可能会认为企业融资需求不大，挂牌的必要性不足。因此，适度负债有利于约束代理人道德风险和减少代理成本，债权人可对当前企业所有者保持适度控制权，也更有利于企业挂牌或IPO融资。
十五、税收方案筹划问题
税收问题是困扰拟挂牌企业的一个大问题。对于大多数中小企业来说，多采取采用内外账方式，利润并未完全显现，挂牌前则需要面对税务处罚和调账的影响。主要涉及的有土地增值税、固定资产购置税、营业收入增值税、企业所得税、股东个人所得税等项目。因此，税收规划一定要提前考虑，并且要与盈利规划避免结合起来。另外，在筹划中还要考虑地方性税收政策和政府补贴对企业赢利能力的影响问题。
十六、关联交易处理问题
关联交易的正面影响反映在可提高企业竞争力和降低交易成本，负面影响在于内幕交易、利润转移、税负回避、市场垄断等。因此，无论是IPO还是新三板挂牌，对于关联交易的审查都非常严格。从理想状况讲，有条件的企业最好能够完全避免关联交易的发生或尽量减少发生，但是，绝对的避免关联交易背后可能是经营受阻、成本增加、竞争力下降。因此，要辩证地看待关联交易，特别要处理好三个方面的问题，一是清楚认识关联交易的性质和范围;二是尽可能减少不重要的关联交易，拒绝不必要和不正常的关联交易;三是对关联交易的决策程序和财务处理务必要做到合法、规范、严格。