一、交易印花税
目前个人股东通过股转公司进行的交易过户和通过中国结算进行的非交易过户均由出让方按实际成交金额的1‰缴纳印花税。依据为财政部、国家税务总局2014年《关于在全国中小企业股份转让系统转让股票有关证券(股票)交易印花税政策的通知》：“在全国中小企业股份转让系统买卖、继承、赠与股票所书立的股权转让书据，依书立时实际成交金额，由出让方按 1‰的税率计算缴纳证券(股票)交易印花税。”
二、股息红利个人所得税
个人股东获得的股息红利所得应当缴纳个人所得税，但是并不在取得股息红利时缴纳，而是在转让派生股息红利的原股份时，由中国结算根据股东的持股时间，计算投资者应当缴纳的个人所得税，并由托管券商从股东的资金账户中扣取税款，划付中国结算，中国结算划付挂牌公司，挂牌公司向主管税务机关缴纳。(股息红利包括挂牌公司向股东分派的现金红利、送股、和资本公积转增股份，但用股本溢价形成的资本公积转增股份不缴纳个人所得税)
个人股东根据持股时间缴纳差别化的个人所得税的具体规定： “个人从公开发行和转让市场取得的上市公司股票，持股期限超过1年的，股息红利所得暂免征收个人所得税。个人从公开发行和转让市场取得的上市公司股票，持股期限在1个月以内(含1个月)的，其股息红利所得全额计入应纳税所得额;持股期限在1个月以上至1年(含1年)的，暂减按50%计入应纳税所得额;上述所得统一适用20%的税率计征个人所得税。”持股时间的计算日期是从取得股份之日起至股份转让之日止，而并不是股份取得之日到股息红利的发放之日。
三、股份转让的个人所得税
投资者交易新三板挂牌公司股票资本利得(价差收入)暂免征收个人所得税。个人转让上市公司的股份的资本利得暂免征收个人所得税，而新三板市场“税收政策原则性比照上市公司”。因此，新三板市场此类所得税也是暂免征收的。
关于上市公司股息红利差别化个人所得税政策有关问题的通知 财税[2015]101号
各省、自治区、直辖市、计划单列市财政厅(局)、国家税务局、地方税务局，新疆生产建设兵团财务局，上海、深圳证券交易所，全国中小企业股份转让系统有限责任公司，中国证券登记结算公司：
经国务院批准，现就上市公司股息红利差别化个人所得税政策等有关问题通知如下：
一、个人从公开发行和转让市场取得的上市公司股票，持股期限超过1年的，股息红利所得暂免征收个人所得税。
个人从公开发行和转让市场取得的上市公司股票，持股期限在1个月以内(含1个月)的，其股息红利所得全额计入应纳税所得额;持股期限在1个月以上至1年(含1年)的，暂减按50%计入应纳税所得额;上述所得统一适用20%的税率计征个人所得税。
二、上市公司派发股息红利时，对个人持股1年以内(含1年)的，上市公司暂不扣缴个人所得税;待个人转让股票时，证券登记结算公司根据其持股期限计算应纳税额，由证券公司等股份托管机构从个人资金账户中扣收并划付证券登记结算公司，证券登记结算公司应于次月5个工作日内划付上市公司，上市公司在收到税款当月的法定申报期内向主管税务机关申报缴纳。
三、上市公司股息红利差别化个人所得税政策其他有关操作事项，按照《财政部国家税务总局证监会关于实施上市公司股息红利差别化个人所得税政策有关问题的通知》(财税〔2012〕85号)的相关规定执行。
四、全国中小企业股份转让系统挂牌公司股息红利差别化个人所得税政策，按照本通知规定执行。其他有关操作事项，按照《财政部国家税务总局证监会关于实施全国中小企业股份转让系统挂牌公司股息红利差别化个人所得税政策有关问题的通知》(财税〔2014〕48号)的相关规定执行。
五、本通知自2015年9月8日起施行。
上市公司派发股息红利，股权登记日在2015年9月8日之后的，股息红利所得按照本通知的规定执行。本通知实施之日个人投资者证券账户已持有的上市公司股票，其持股时间自取得之日起计算。
财政部国家税务总局证监会 2015年9月7日