此外，对于个别自然人之间的委托持股，尤其是可能影响到实际控制人的认定时，应当谨慎再谨慎，充分核查委托持股的真实性。
(二)委托持股的清理
委托持股的清理方式无外乎实际出资人退股或将实际出资人由隐名股东变为显名股东两种，从成本和风险的角度考虑，还原实际出资人通常为成本更低、风险更小的选择。
1、还原实际出资人
还原实际出资人通常包括由实际出资人直接持股和间接持股两种方式，无论直接持股还是间接持股，都涉及发行人的股权转让;根据公司法司法解释三，还原实际出资人股东身份涉及发行人的股权转让，仍需取得发行人其他股东半数以上同意。
2、解除代持涉及的个人所得税
根据《关于加强股权转让所得征收个人所得税管理的通知》(国税函[2009]285号)，税务机关判断股权转让行为是否符合独立交易原则，是否符合合理性经济行为及实际情况;对申报的计税依据明显偏低(如平价和低价转让等)且无正当理由的，主管税务机关可参照每股净资产或个人股东享有的股权比例所对应的净资产份额核定。
根据国家税务总局《关于股权转让所得个人所得税计税依据核定问题的公告》(国家税务总局公告2010年第27号)，自然人转让所投资企业股权(份)取得所得，按照公平交易价格计算并确定计税依据;计税依据明显偏低且无正当理由的，主管税务机关可采用该公告列举的方法核定。
鉴于代持过程中名义出资人的出资通常都是有实际出资人缴付，因此解除代持过程中股权转让的价格通常设定为委托方的实际出资金额(视同借款)或0元，该等定价能否被是为合理原因而无需缴纳所得税需由当地税务主管机关确定，但从执业谨慎的角度考虑，建议收集取得完税证明或有关税务主管机关关于无需缴纳所得税的证明文件。
3、对代持形成其过程中股权变动情况进行确认
如遇因员工持股而涉及的代持情形，在代持过程中很可能发生员工离职等情况而导致代持股份的变动，或在代持过程中，发行人发生增资等情况而导致实际出资人持有发行人股权比例变动的情形，为避免争议纠纷，建议在清理代持过程中，向全体实际出资人说明该等情况并取得其无异议的书面确认。
4、退股的处理
鉴于上市事宜属于牵涉利益较大的事项，若对实际出资人做退股处理，则须较还原出资人方式采取更为谨慎的态度处理，除上述注意事项外，还需对包括代持费用等问题予以明确，并保留退股的全部凭证，尽量对退股协议进行公证。
5、兜底承诺
在梳理和清理代持问题的过程中，如存在部分代持协议遗失或部分离职且退股的实际出资人联系不上等情形，在如实披露该等情形的同时，应补充大股东对发行人潜在损失的兜底承诺，承诺内容可参考力源信息的案例。