如上所述，太极集团重组前仅持有太极股份38.81%的股份，也未与其他国有单位或企业合计对太极股份的持股比例达到或超过50%，因此太极股份并不符合上述80号文规定的需标注国有股东标识的条件，不属于上市公司国有股东范围。经与重庆市国资委多次沟通，重庆市国资委认可了项目组关于太极股份不属于“上市公司国有股东”的解释，并出具了《关于西南药业股份有限公司重大资产重组涉及国有股东有关事宜的批复》，确认太极股份已不属于国有股东单位，其转让存量股份给左洪波不适用第19号令的规定，无须层报国务院国资委审批，为整个重组方案的推进大大降低了审批难度。
三、停牌后对注入资产股权的调整
本次借壳上市时，左洪受让西南药业存量股份的对价为上市公司全部置出资产以及41,300万元现金，较西南药业当时的股价水平有将近30%的溢价(即所谓“壳费”)。根据过往借壳上市的交易惯例，通常由借壳方控股股东以持有的注入资产股权与上市公司置出资产进行等值资产置换，置换后控股股东持有的剩余股权由上市公司发行股份购买，控股股东以置出资产(或外加若干现金)受让上市公司原控股股东的存量股份。由于重组前左洪波、褚淑霞夫妇对奥瑞德的控股比例较低，仅为33.32%，若由左洪波单独与上市公司进行资产置换，剩余部分发行股份购买资产的话，重组后左洪波、褚淑霞对上市公司的控股比例将进一步稀释，不利于上市公司控制权的稳定，且全部壳费由大控股东承担亦稍显不公。
经协商，各方(国有股东哈工大实业总公司因保护国有资产原因除外)同意将一定比例的奥瑞德股份在重组前无偿转让予左洪波，具体转让比例按参与置换的置出资产的评估值相应确定，以实现奥瑞德内部股东之间的利益平衡。同时，鉴于股份无偿转让之目的是为了促成借壳上市成功且左洪波未支付任何对价，故各方签署《股份转让协议》中亦同时约定，在协议生效后十二个月内重组失败的，左洪波应将无偿受让的股份无条件地无偿转回给原转让方。
本次借壳上市中，奥瑞德其他股东将一定比例的奥瑞德股权无偿转让给实际控制人，与部分其他借壳案例中全部股东按持股比例参与资产置换，然后由该等股东将受让的置出资产无偿转让给借壳方实际控制人以受让存量股份效果类似;但在重组前无偿转让股份与在重组过程中无偿转让置出资产相比一方面简化了交易结构，另一方面税费承担有较大不同，可以规避奥瑞德其他股东在重庆无偿转让置出资产的税收风险。
本次重组中，西南药业的控股股东太极股份亦为上市公司，二者同属医药行为，借壳上市的主要背景之一即为解决太极股份与西南药业的同业竞争问题并减少关联交易。在过往借壳上市的典型案例中，上市公司控股股东受让的置出资产通常为上市公司的全部资产及负债。根据初步评估结果，西南药业置出资产的评估值已超过太极股份净资产的50%，已构成重大资产重组，根据当时适用的《上市公司重大资产重组管理办法》的相关规定，太极股份构成重大资产重组亦应履行相应程序并报中国证监会审批;如此，则两个上市公司就同一事项同时报批证监会，交易的审批难度及复杂性大为增加。
经各方研究、讨论，西南药业拟在借壳过程中保留一定数量的现金(保留累计未分配利润约11,284.09万元)，将置出资产的价值降低在太极股份净资产的50%以下，如此太极股份受让置出资产则不构成重大资产重组，仅需由西南药业单独向中国证监会报批即可，交易的复杂程序亦相应降低。
四、财政部对本次重组的审批
奥瑞德为哈工大的校办企业之一，哈工大下属企业哈工大实业总公司为奥瑞德的创始股东，哈工大的主管部门为工信部，根据《中央级事业单位国有资产使用管理暂行办法》、《财政部关于进一步规范和加强中央级事业单位国有资产管理有关问题的通知》，财政部为中央级事业单位国有资产的有权管理部门，中央级事业单位所办企业的改制上市、产权转让、资产重组等重大事项，由各部门审核后报财政部批准实施，故本次重组尚需报财政部审批。
根据《财政部关于进一步规范和加强中央级事业单位国有资产管理有关问题的通知》的要求，中央级事业单位的国有资产监管遵循“财政部门—主管部门—事业单位”的事业资产管理运行机制，哈工大实业总公司应按此要求将借壳重组方案逐级上报。本次借壳上市为工信部、哈工大下属企业首次申报借壳重组事项，无先例可供参照，且财政部对国有股东参与上市公司重组的程序亦未有明确规定。经与工信部、财政部多次沟通，财政部审批国有股东参与上市公司重组事项系参照国务院国资委发布的《关于规范国有股东与上市公司进行资产重组有关事项的通知》(国资发产权(2009)124号，以下简称124号文)的相关规定进行，国有股东应先将可行性报告报财政部预审核，并在取得预审核批复后将重组方案及其他文件正式报批。
124号文规定，国有股东与上市公司进行资产重组的方案经上市公司董事会审议通过后，国有股东应当在上市公司股东大会召开日前不少于20个工作日，按规定程序将相关方案报省级或省级以上国有资产监督管理机构审核;国有资产监督管理机构在上市公司股东大会召开前5个工作日出具批复文件。根据本项目经验，财政部仅要求国有股东参照124号文的规定准备相关报批文件，并未严格遵循124号的相关时限要求，事实上财政部对重组方案的审批时间较长(本次借壳上市财政部审批时间前后约为4个月)，如有类似情形应提早准备相关资料。
本次借壳上市为近年来高校出资企业参与借壳上市的首例，其中关于财政部的相关审批要求对类似企业有较大参考意义。