历史股权转让瑕疵。由于不少拟上市企业是经国有企业或者集体所有制企业改制而来，其国有股权或者内部员工股权在转让过程中，往往出现瑕疵。如国有股权转让，企业应当考虑是否获得国有资产主管部门的书面批准。
法律法规规定上市前职工持股人数超过200人的，一律不准上市;存在工会持股、持股会以及个人代持等现象的公司也不准上市。而在内部员工持股的清理过程中，IPO申请公司很容易因为各种利益问题在上市过程中被举报或遭受质疑。
此外，某些BVI构架的红筹公司在转为内地上市的过程中，也要注意股权转让问题。如深圳海联讯科技股份有限公司未能过会，外界普遍猜测的被否原因是由于海外上市未果，转为在国内上市，在企业类型由外资公司变更为内资公司时，由于BVI股权构架的问题，股权交易复杂且存在瑕疵。
实际控制人认定问题。未过会的北京福星晓程招股说明书(申报稿)显示，汉川市钢丝绳厂直接和通过福星生物医药间接持有的公司股份为41.97%，为公司实际控制人。问题是，福星晓程的主营业务则是集成电路产品的生产与销售，实际控制人对公司业绩提升没有明显作用。而公司第二大股东程毅作为总经理，则全面负责公司经营管理工作，且公司成立时的核心技术“电力线扩频通信调制/解调(PL2000)系列芯片”是由程毅投入，因此市场猜测，程毅才是福星晓程真正的实际控制人，公司实际控制人认定不够准确。
管理层重大变动。《首次公开发行股票并在创业板上市管理暂行办法》中第二章第十三条明确规定:“发行人最近两年内主营业务和董事、高级管理人员均没有发生重大变化,实际控制人没有发生变更。”而被否决的天津三英焊业，根据其招股说明书(申报稿)显示，2009年1月12日，两名董事朱树文、卢迅代替因工作变动辞职的李琦、覃西文，进入董事会。此事距离申请上市不到一年，这一做法直接有悖于证监会规定。
败因六：独立性问题
如未过会的东方红航天生物技术公司，据招股说明书(申报稿)，在2006年、2007年的前两大客户中，上海寰誉达生物制品有限公司系公司董事邱斌配偶张莉控股的公司，2006年销售第二大客户上海天曲生物制品有限公司系邱斌控制的公司，其销售收入占航天生物同期销售收入的80%以上。虽然航天生物已经声明上述两家公司已在2009年开始注销，但是仍然难免利益输送嫌疑。
而对苏州通润驱动公司被否的质疑声，则是根据其招股说明书(申报稿)显示其兄弟公司常熟市千斤顶铸造厂为其主要供应商，报告期内，2006～2008年来自铸造厂的采购金额在总金额中的占比一直高达12%以上，上市前的2009年上半年才降至9.1%。而且通润驱动的董事、监事均在关联企业任职。
败因七：盈利能力问题
第一是业绩依赖严重，如税收依赖和关联方依赖。前者的问题常见于科技创新型企业，这是因为高科技企业往往在一定时期内享受增值税退税、所得税减免等税收优惠。有些业绩看起来不错的企业往往在剔除税收优惠后，业绩表现平平或者不升反降。
以未过会的南京磐能电力为例，通过分析其招股说明书(申报稿)可发现，根据《关于鼓励软件产业和集成电路产业发展有关税收政策问题的通知》中的优惠政策，磐能电力所得税享受“两免三减半”，并在优惠政策完成后享受15%的所得税优惠税率(企业所得税税率为25%)，而增值税方面，则享受对其增值税实际税负超过3%实行即征即返。合计2006年至2009年上半年上述两项税收减免金额，占公司同期利润总额(含少数股东权益)的41.4%、42.29%、29.96%和25.78%，如果以归属上市公司净利润为基数计算，这一比率将会更高。
而安得物流则引起关联方依赖的讨论。根据其招股说明书(申报稿)，在2006年至2009年上半年的报告期内，安得物流与大股东美的集团及其附属公司的业务收入占同期业务总收入的8.19%、32.53%、29.56%、27.47%，关联交易产生的毛利额占总毛利的比重分别为48.18%、42.28%、34.51%、30.82%，被疑净利润对关联方存在重大依赖。
第二是持续盈利能力受其他因素的影响比较严重。这方面的因素比较多，如专利纠纷、合资条款、销售结构变化、未决诉讼、尚未取得业务必需的《国有土地使用权证》、重大合同不利影响等多种因素。
败因八：募投资金效益风险大
第一个问题是募投资金效益风险较大。如未过会的赛轮股份，招股说明书(申报稿)显示其募投资金投向之一是生产半钢子午线轮胎。但又说明该产品80%用于出口，且北美市场占其出口总额的50%。在赛轮股份上市的过程中，不曾料到2009年9月国际环境突变，美国政府宣布对产自中国的轮胎实施3年惩罚性关税，其募投项目未来的经济效益存在较大的不确定性。这也是坊间猜测赛轮未能过会的原因。
这类风险还包括经营模式变化、项目可行性等风险，都需要企业给予全面的分析论证。如有报道指出，上海超日太阳能募投资金的投向是，将光伏电池片产能从现有的20兆瓦扩充至120兆瓦，增加幅度为5倍，同时电池组件产量增加1.82倍。但在2009年，受金融危机影响的光伏产业并未复苏，在国内也被认为是产能过剩行业，且同业企业大多数在削减产量。因此公司募投项目是否具有良好的市场前景和盈利能力都缺乏合理解释。
融资必要性不足也属于募投资金运用的问题。一般来说，企业能够自筹解决资金问题，就没必要上市融资。如前文所述的福星晓程和同济同捷等公司，申报材料都显示其账面资金充足，是“不差钱”的企业。这样的企业如果仓促上市，往往被怀疑为“上市圈钱”。
此外，募投项目与企业现有生产规模、管理能力不匹配，企业小马拉大车，则会存在较严重的匹配风险;某些投资项目手续不齐，不符合法律法规的要求，则存在一定的合规风险。
败因九：企业运营不规范
内控机制薄弱。内控机制是指企业管理层为保证经营目标的充分实现，而制定并组织实施的对内部人员从事的业务活动进行风险控制和管理的一套政策、制度、措施与方法。财务核算混乱是内控机制薄弱的常见体现，如原始会计报表与上市申报材料报表存在重大数据差异等。
此类问题的其他表现，还包括资金占用、管理层未尽到勤勉尽责的法律义务等问题。
败因十：中介报告瑕疵
企业IPO一般要聘任的中介机构包括保荐机构(与主承销商往往是一家证券公司)、会计师事务所、律师事务所、资产评估事务所。IPO的成功，除了取决于企业的基本素质之外，还包括中介机构的专业能力以及服务质量。
中介报告瑕疵往往见于评估报告、审计报告及律师报告。如评估报告未经具备评估资格的评估师签字，或者相关评估机构不具备评估资格，均可被发审委认为是无效评估报告，评估结果不能作为企业某个经营活动的依据等。企业在上市过程中也可能变更会计师事务所，要注意审计报告的签名、签字是否有错。律师报告同样如上述情况。
附文：
认购不足，融创、卓越香港上市遭遇滑铁卢
2009年12月15日，孙宏斌名下融创中国宣布，由于市场情况不佳，公司上市计划被搁置。这也成为继10月27日卓越置业后，2009年第二家暂停上市的内地房企。据悉，融创中国12月3日开始路演，12月10日截止时，保证金认购远未足额，公开发售仅获得足额认购，冻结资金约2.22亿港元。而卓越地产此次上市搁置则是由于招股价格过高，公司管理层不愿按投资者的要求下限定价，导致公开发售部分不足额。
融创中国是孙宏斌运作的第二家欲在香港上市的地产公司，2004年，顺驰地产曾计划在香港上市，但是因为市场不佳最终夭折。顺驰也因为高额负债被出售给香港路劲集团。