在协议控制结构下，支付宝从阿里巴巴集团旗下全资子公司Alipay，转至马云和谢世煌全资拥有的浙江阿里巴巴电子商务有限公司(下称浙江阿里巴巴)。工商资料显示，转让分两次进行，一次在2009 年6 月1 日，另一次发生在2010 年8 月6 日，两次转让的总价约为3.3 亿元。矛盾发生在股权转让之后。2011 年一季度，马云以协议控制不能获取第三方支付牌照及危害国家经济安全为由，在股东反对、董事会未通过的情况下，单方面决定断掉支付宝与阿里巴巴集团之间的协议控制关系(图13、图14)
除了政策风险，VIE 架构还存在税务和外汇管制风险。税务风险方面，采取VIE 架构签订协议，将涉及大量的关联交易及转移定价问题及反避税问题，协议的合规性起决定性作用。外汇管制风险方面，通过协议转移内资企业利润至WFOE，在利润出境时可能面临外汇管制风险。另外，也存在非直接控制风险。由于VIE 模式下，上市公司对于内资企业没有股权控制，可能存在经营上无法参与和控制经营管理的问题。如前期闹得沸沸扬扬的土豆网离婚案，其实就是对内资企业股权的纠纷。
(3)担忧逐渐增加
VIE 架构助力大批创新型企业引入私募股权基金并成功上市，这对于我国TMT 产业和服务业的发展无疑是巨大的推动，同时对于整个社会鼓励创业和创新也具有巨大的示范效应，可以说，VIE 架构对于我国的产业和技术升级，起到了重要作用。但支付宝事件的悬而未决，致使业界对VIE 架构前景的忧虑不断增强。
一方面，如果VIE 结构不合法，那么这对海外上市(以及还没上市)的企业股东来说，是灾难性的。VIE 结构里的海外公司，只是一个壳，因为拥有一份与内资公司的长期协议而有价值。如果协议出现问题，壳则一文不值。
另一方面，如果VIE 下的内资企业，不具备按内资企业申请各种牌照的资格，这样也影响巨大。因为各互联网公司的新闻转载资格许可证、ICP、网游等牌照，均是由内资企业申领。如果参照支付牌照的标准，那么这些企业立刻面临非法经营的问题。（完）
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