▌一、有限公司股东穿透后能否超过50人？
根据《中华人民共和国公司法（2013年修订）》第二十四条规定：有限责任公司由五十个以下股东出资设立；第七十八条规定：设立股份有限公司，应当有二人以上二百人以下为发起人。
两条规定对于有限责任公司和股份有限公司的发起人股东人数上限都进行了限制，有限责任公司股东不可超过五十人，而股份有限公司股东不可超过二百人。
但在实务中，有限责任公司其股东穿透后超过50人的情况（例如2个员工持股平台分别都有30人股东）比比皆是，但股份有限公司其股东穿透后却不得超过200人。其原因何在？
根据《证券法》(2005修订)第十条规定，公开发行证券，必须符合法律、行政法规规定的条件，并依法报经国务院证券监督管理机构或者国务院授权的部门核准；未经依法核准，任何单位和个人不得公开发行证券。其中，向特定对象发行证券累计超过二百人的，构成公开发行证券行为。
2006年12月，国务院发布《国务院办公厅关于严厉打击非法发行股票和非法经营证券业务有关问题的通知》，规定：“严禁变相公开发行股票。向特定对象发行股票后股东累计不超过200人的，为非公开发行。非公开发行股票及其股权转让，不得采用广告、公告、广播、电话、传真、信函、推介会、说明会、网络、短信、公开劝诱等公开方式或变相公开方式向社会公众发行。严禁任何公司股东自行或委托他人以公开方式向社会公众转让股票。向特定对象转让股票，未依法报经证监会核准的，转让后，公司股东累计不得超过200人。
根据以上规定，可见国家严格认定未上市股份有限公司股东超200人构成公开发行的行为，违反《证券法》未经依法核准，任何单位和个人不得公开发行证券的规定。
而有限责任公司直接股东不超过50人，其股东穿透后在50人以上200人以下的，不会涉及到违反《证券法》关于公开发行证券的规定，就不存在违法问题。
尽管公司股东穿透后超过200人并不合规，但仍有许多公司因各种原因股东超过200人上限。
公司股东超200人的现状
目前超过200人的“问题公司”主要分为两类：一类是历史原因造成的，一类是在新三板定增过程中新增股东使得股东人数超过200人的。
▌二、历史遗留原因造成的以下五种股东超200人情况：
一是1994年7月《公司法》生效前根据《股份制企业试点办法》(1992年5月15日国家体改委等体改生[1992]30号发布)成立的定向募集公司，内部职工直接持股；二是国企改革，国有企业主辅分离时辅业企业改制、全员持股产生的，改制企业全部员工成为改制后企业的隐名股东或显名股东，委托持股是普遍采用的方式；三是工会、职工持股会直接或代为持股；四是信托持股；五是其他因公司不规范增发和股转导致超过200人的情况。
（一）历史原因造成的股东超200人怎样合规申请公开发行
2013年12月26日，证监会发布最新的《非上市公众公司监督管理办法》，将股份有限公司股东人数超过200人的“问题公司”纳入监管范围中，并且出台了一系列配套法规和指引，其中，《非上市公众公司监管指引第4号——股东人数超过200人的未上市股份有限公司申请行政许可有关问题的审核指引》（简称《4号指引》）表示符合规定的，可申请公开发行并在证券交易所上市、在全国中小企业股份转让系统挂牌公开转让等行政许可，并明确了审核标准、申请文件、关于股份代持及间接持股的处理。
（二）股东超200人股份公司新三板挂牌难点
1、股东人数多
案例：江苏省铁路发展股份有限公司（简称“江苏铁发”，代码：430659）于2014年3月28日在新三板挂牌。截至2013年8月律师对公司股东进行访谈，股东人数合计11512人，总股本14,674.31 万股。
案例：济南圣泉集团股份有限公司（简称“圣泉集团”，代码：830881）于2014年7月28日在新三板挂牌。截至2013年11月律师对对公司股东进行访谈，股东人数合计3563人，总股本25,748.84万股。
2、股份确权难度大
申请行政许可的200人公司应当对股份进行确权，通过公证、律师见证等方式明确股份的权属。申请在全国股份转让系统挂牌公开转让的，经过确权的股份数量应当达到股份总数的80%以上（含80%）。未确权的部分应当设立股份托管账户，专户管理，并明确披露有关责任的承担主体。对于历史较久且股东人数较多的股份公司，股东确权工作量巨大，成本较高，一般耗时在半年至一年，费用在100万元—200万元之间，且结果难以预期。
案例：江苏铁发于2013年8月启动股份确权工作，截至 2013年9月30日，公司已在华泰证券登记、托管的股份为145,428,110股，登记、托管率为 99.10%，其中，参与公司于 2013年8月启动的股份确权程序且股份得以确认的股东的持股比例为86.74%，股份确权比例达到80%以上。
案例：圣泉集团自2013年11月12日开始，公司对股东的持股情况进行确认，确认过程全程录像并聘请章丘市公证处对股权确认过程进行现场公证，项目组和律师全程参与了公司股权确认的过程。截止2014年1月28日，已完成托管登记的股份25,737.0504 万股，托管比例为99.95%，本次股权确认共确定股东人数2,899 名，该等股东持有24,509.9684万股，占公司总股本的 95.19%，股份确权比例达到 80%以上。
3、省级人民政府出具确认函较难
根据《非上市公众公司监管指引第4号》的规定，存在以下四种特定情形的，应当报送省级人民政府出具确认函。省政府对重大事项出具兜底确认函，已经成为企业主板上市的制度惯例，但如将主板市场的监管要求完全移植到新三板挂牌之中，会在实务操作中产生很多障碍因素，并已经逐渐表现出来。首先是程序繁琐，申报企业须从所在区县金融办逐级上报至省金融办，再报经省政府审核出具；其次，因时隔太久，政府管理机构和经办人员变动很大，省政府很难取得充分的判断依据从而决定是否出具确认函以及确认函的具体内容。
（1）1994年7月1日《公司法》实施前，经过体改部门批准设立，但存在内部职工股超范围或超比例发行、法人股向社会个人发行等不规范情形的定向募集公司。
案例：圣泉集团系根据 1993年3月22日章丘市体制改革委员会批文（章体改股字（1993）6号文）及 1993年12月30日济南市体改委批文（济体改股字[1993]56号），由原济南圣泉化工实业总公司整体改制，并同时发行内部职工股，募集设立的股份公司。其中内部职工股338 万股，涉及内部职工 562 名。实业总公司以净资产1,127万股，折为1,127法人股，占股份总额的77%；向内部职工发行338万股，占股份总额的23%。
2014年4月25日，山东省人民政府出具《关于报送确认济南圣泉集团股份有限公司股份形成及规范情况的函》（鲁政字[2014]88号），对圣泉集团内部职工股股份形成、变化及规范等情况进行确认。
（2）1994年7月1日《公司法》实施前，依法批准向社会公开发行股票的公司。
案例：江苏铁发于1989 年 4 月 15 日设立，1989年7月20日，中国人民银行江苏省分行出具《关于同意沂淮地方铁路联合股份有限总公司试行发行股票的批复》[苏银管（1989）51 号]，同意公司发行社会公众股，募资 1,100 万元。
1990年6月5 日，中国人民银行江苏省分行出具《关于同意江苏沂淮地方铁路联合股份有限总公司发行第二期股票的批复》[苏银管（90）40 号]，同意公司发行第二期社会公众股，募资 1,900 万元。