1）工商登记是国家行政权力对民事行为进行的一项合理干预，工商变更登记的前提条件是股权转让合同已生效，由此，从逻辑上可推出，经工商登记而使股权转让生效的约定并非股权转让合同生效的条件。
2）按照新《公司登记管理条例》的规定，有限公司变更股东的，应当自股东发生变动之日起30日内申请变更登记，并应当提交新股东的法人资格证明或自然人的身份证明。由此可见，股东变更在先，工商登记在后；工商登记义务人是目标公司而非股权转让合同的转让人或受让人，股权转让合同是股权转让人与受让人对双方权利义务的约定，不得为作为第三人的目标公司设定义务。
（3）新《公司法》第32条充分肯定了前述分析：
该条法规明确规定登记事项包括股权转让事项发生变更的，应当办理变更登记。未经登记或者变更登记的，不得对抗第三人。即未经工商登记并不影响股权转让合同本身的效力。
3、股东在公司设立时未出资或未足额出资，或者在公司设立后抽逃出资的,其与他人签订的股权转让合同是否有效？
认股人不出资，可能被公司或其他股东作为违约行为剥夺认股资格，而致其未能取得股权，但也可能因公司或其他股东未追缴出资即被登记为股东，并在公司成立后获得股权。
后面的这种情形就构成了虚假出资。
因此，虚假出资者也可能拥有公司的股权，只是其还必须承担对公司的填补出资义务。公司法司法解释（三）规定：“第十三条 股东未履行或者未全面履行出资义务，公司或者其他股东请求其向公司依法全面履行出资义务的，人民法院应予支持。”
根据我国新《公司法》第199条关于未支付出资的股东应承担的法律责任的规定，对出资不到位的股东，应责令改正，即责令其补足出资，并承担因注册资本未到位而产生的其他责任，而不是直接否定其股东资格。
再者，股东身份的认定，应当以公司登记文件（包括章程、股东名册、工商登记等）的记载为依据。公司登记文件具有公示的效力，公司和公众有理由根据公示认定股东。所以，股东未出资或者虚假出资、抽逃出资不影响股权转让合同的效力。
公司法司法解释（三）规定：“第十九条 有限责任公司的股东未履行或者未全面履行出资义务即转让股权，受让人对此知道或者应当知道，公司请求该股东履行出资义务、受让人对此承担连带责任的，人民法院应予支持；公司债权人依照本规定第十三条第二款向该股东提起诉讼，同时请求前述受让人对此承担连带责任的，人民法院应予支持。受让人根据前款规定承担责任后，向该未履行或者未全面履行出资义务的股东追偿的，人民法院应予支持。但是，当事人另有约定的除外。”
4、违反股东间约定的限制性条件的股权转让合同效力？
有时，股东之间对向非股东转让股权还约定有法律规定之外的限制条件，如未经全体股东一致同意不得转让股权（一致通过）；
某一股东在股权转让时必须连带由另一或其他一些股东转让一定数量的股权（强制随售）；
股权转让必须经过某大股东同意，或经董事长、董事会的同意（一票否决）；
股权转让时其他股东均需无条件同意，并放弃行使优先购买权（权利放弃）等等。
由于当事人的这些特别约定可能与法律规定不符，如何认定这些特别约定的效力，违反约定的股权转让合同是否有效，便成为司法实践中的难题。
笔者认为，其实只要将当事人对股权转让的内部限制性约定与外部股权转让合同两者分开分析，就可以得出正确的结论：
（1）因违反合法（不违反法律强制性规定）的内部约定而签订的股权转合同，在符合法律的其他规定时是有效的，产生的后果只是转让人承担对内部约定的违约责任，因为在原股东间的限制股权转让约定，其效力不能及于没有参与约定的非股东第三人，第三人受让股权仅受法律规定条件的限制，不受他人约定的限制，如认定股权转让无效，将损害作为受让人的第三人合法权益。
（2）因违反非法（违反法律强制性规定）的内部约定而签订的股权转让合同，相当于内部约定无效、转让人不受其约束，股权转让合同的效力不受内部约定的影响，依据《公司法》及《合同法》的相关规定认定其效力。
5、不经隐名股东同意，显名股东股权转让合同的效力？
新《公司法》明文规定，记载于股东名册的股东可以依股东名册主张行使股东权利。显名股东转让隐名股东股权，则应以“视为隐名股东不存在”为原则来判断转让合同的效力，未实际出资的显名股东与受让人签订的股权转让合同，在符合法律规定的情况下是有效的。
对外部来讲，隐名股东并不存在，其与显名股东的内部约定等内部公示，实质功能主要是用于确定股东之间的权利义务，隐名股东的权利只能通过追究显名股东对内部约定的违约责任来实现。从公司法的发展趋势上看，除特殊情况下需采取隐名持股外，也是不鼓励隐名股东存在的，其一，不利于行业管理，容易造成市场混乱；其二，不利于股东间权益协调，容易产生股东间权益纠纷；其三，不利于对第三人的保护，使第三人的交易安全系数下降。
但是，现实中隐名股东（实际出资人、名义股东的问题）广泛存在。
就此，公司法司法解释（三）给出解决办法：
“第二十五条 有限责任公司的实际出资人与名义出资人订立合同，约定由实际出资人出资并享有投资权益，以名义出资人为名义股东，实际出资人与名义股东对该合同效力发生争议的，如无合同法第五十二条规定的情形，人民法院应当认定该合同有效。
前款规定的实际出资人与名义股东因投资权益的归属发生争议，实际出资人以其实际履行了出资义务为由向名义股东主张权利的，人民法院应予支持。名义股东以公司股东名册记载、公司登记机关登记为由否认实际出资人权利的，人民法院不予支持。实际出资人未经公司其他股东半数以上同意，请求公司变更股东、签发出资证明书、记载于股东名册、记载于公司章程并办理公司登记机关登记的，人民法院不予支持。”
“第二十六条 名义股东将登记于其名下的股权转让、质押或者以其他方式处分，实际出资人以其对于股权享有实际权利为由，请求认定处分股权行为无效的，人民法院可以参照物权法第一百零六条的规定处理。名义股东处分股权造成实际出资人损失，实际出资人请求名义股东承担赔偿责任的，人民法院应予支持。”
《中华人民共和国物权法》对于“善意取得”问题，给出了较为明确的解答：
“第一百零六条 无处分权人将不动产或者动产转让给受让人的，所有权人有权追回；除法律另有规定外，符合下列情形的，受让人取得该不动产或者动产的所有权：
（一）受让人受让该不动产或者动产时是善意的；
（二）以合理的价格转让；
（三）转让的不动产或者动产依照法律规定应当登记的已经登记，不需要登记的已经交付给受让人。
受让人依照前款规定取得不动产或者动产的所有权的，原所有权人有权向无处分权人请求赔偿损失。
当事人善意取得其他物权的，参照前两款规定。
四、关于部分行使优先购买权的问题
我国《公司法》第71条规定了有限公司股权转让时其他股东的优先购买权，但我国法律未对有限责任公司股东是否可以“部分”行使优先购买权的问题做出明确规定，这在实践中引起较多争议。有的学者认为股东可以部分行使优先购买权，有的学者则持相反的态度。
笔者认为，如果股权转让不仅仅是股份的转让，还涉及到公司控制权的转移，股东部分行使优先购买权将影响股权转让的价格，进而影响到转让股权的股东的收益时，股东不得部分行使优先购买权。理由如下：