第一，在日常经营中和公司存续中，控股股东的地位和权益体现为股权收益和控制权的总和，在股权转让时，这种地位和权益则体现为股权收益和控制权总和的总体价值，这种价值一般大于不涉及控制权转移的股权转让的价值。允许股东部分行使优先购买权，分解拟转让的股权，将会减少转让股权的股东的收益，这违反《公司法》确定的对所有股东既得利益平等保护的原则。
第二，我国《公司法》规定优先购买权的行使必须在“同等条件下”，而股东部分行使优先购买权，则有时不能认为是在“同等条件下”行使。因为在股东转让股权时，同等条件应当包含至少两个以上的要素：
（1）股权价格同等，即公司其他股东购买股权的价格应当与公司以外的第三人购买股权的报价相当；
（2）股权数量同等，即公司其他股东购买股权的数量应当与公司以外的第三人购买股权的数量相当，当股权转让涉及到控制权转移时，第三人主张全部购买拟转让股权，而行使优先购买权的股东主张部分购买，这样使得数量不同等，导致难以保障价格的同等，这时部分行使优先购买权的实质就是要在“不同等的条件下”实现优先购买权，而这与优先购买权的行权基础是相悖的；
（3）其他条件同等，包括承债式收购、附职工安置条件的收购、附其他利益承诺的收购等等。
但是，如果股权转让不涉及到公司控制权的转移，股东部分行使优先购买权不会影响股权转让的价格和转让股权的股东的收益时，股东可以部分行使优先购买权。
五、关于股权转让后公司股权结构不合法律规定的问题
股权转让合同履行后公司出现下列情形时如何处理：（1）有限责任公司的股东超过50人；（2）股份有限公司的发起人股东人数少于2人或超过200人；（3）中外合资经营企业的股权全部归于中方或外方。
对于第1、2种情形的解决办法，我国法律没有明确的规定，学理上认识也不一致。我国《公司法》对有限责任公司的股东人数上限，以及股份有限公司的发起人股东人数区间分别作了规定，《公司法》及相关法律规定不允许出现有限责任公司的股东多于50人、股份有限公司发起人股东少于2人或多于200人，但如果将由于股权转让而出现上述情形的公司一律解散，公司解散清算成本和对社会经济秩序的影响，都比公司股权再度转让或者变更公司形式达到法律要求的成本大得多。
同样，如果因此否认股权转让合同的效力，对交易安全的危害也是极大的。所以，笔者认为股权转让导致公司出现上述情形时，应给公司一定的期限调整其股权结构使之符合法律规定，或者允许其变更为其他符合法律规定的形式，不宜对出现上述情形的公司一概立即解散，也不能因为股权转让之后公司股权结构不符合法律规定而影响股权转让合同的效力。
当公司发生第3种情形，即中外合资企业股权全部归于中方或外方时，笔者亦认为，应按我国相关法律规定，由公司作相应的工商变更登记，不能否认股权转让的效力。
六、外资股权并购合同的法律条款
近几年来，国际上跨国并购已成为外国直接投资的主要投资方式，外国企业逐渐采取兼并、收购的方式对我国进行投资，并呈现大规模并购国内企业的势头。外商直接投资并购国内企业有其积极意义：
（1）外资并购引入了大额资金，解决了国内企业资金短缺问题；
（2）有利于推动企业技术进步和产业升级，并通过技术外溢和扩散等途径，带动国内企业的技术升级；
（3）利用外资并购参与国内企业的改组改造，导入国际规则和惯例，从而理清产权关系、建立现代企业制度。
外资并购国内企业虽然有着上述积极的意义，但也有一定的负面效应：
（1）从近期来看，外资并购国内企业，由于我国资产评估制度不完善等原因，造成了国内企业资产的流失，可能损害国家经济；
（2）从长期来看，外资企业成片、成行业、跨行业地并购国内企业，将形成行业垄断，威胁民族工业的生存。
另外，目前外资并购国内企业还存在以下环境障碍：
（1）制度障碍，包括严格管制和交易制度障碍；
（2）观念障碍，不能正确认识外资并购的意义。
为克服外资并购国内企业的负面效应和环境障碍，我们需要完善我国法律体系，依靠法律规范外资并购，同时建立科学有效的资产评估制度、交易制度以及劳动和社会保障制度。
正是在这种背景下，为进一步规范外资并购行为，国家有关部门相继出台了《上市公司收购管理办法》（2012修订）、《关于向外商转让上市公司国有股和法人股有关问题的通知》（证监发[2002]83号，已废止）、《利用外资改组国有企业暂行规定》（国家工商行政管理总局、国家外汇管理局第42号）和《外国投资者并购境内企业暂行规定》及修订后的《关于外国投资者并购境内企业的规定》（2009修订）等有关外资并购的法律法规。