二是股权转让合同未履行完毕，因执行仲裁委员会作出的解除股权转让合同及补充协议的裁决、停止执行原股权转让合同，并原价收回已转让股权的，由于其股权转让行为尚未完成、收入未完全实现，随着股权转让关系的解除，股权收益不复存在，根据个人所得税法和征管法的有关规定，以及从行政行为合理性原则出发，纳税人不应缴纳个人所得税。基于以上规定，个人在进行股权转让时，必须要考虑清楚股权转让协议的履行完毕与否的税收负担问题，如果不想实质上进行股权转让，则在签订股权转让协议之后，不需要进行工商登记，不要支付股权转让款，则股权转让协议是法律上的未履行完毕，可以退回协议，可以节省股权转让中的个人所得税。
(二)自然人转让股权计税依据明显偏低的税务处理
1、转让股权计税依据明显偏低的判断标准
《股权转让所得个人所得税管理办法》(国家税务总局公告2014年第67号)第十二条符合下列情形之一，视为股权转让收入明显偏低:
(1)申报的股权转让收入低于股权对应的净资产份额的。其中，被投资企业拥有土地使用权、房屋、房地产企业未销售房产、知识产权、探矿权、采矿权、股权等资产的，申报的股权转让收入低于股权对应的净资产公允价值份额的;
(2)申报的股权转让收入低于初始投资成本或低于取得该股权所支付的价款及相关税费的;
(3)申报的股权转让收入低于相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让收入的;
(4)申报的股权转让收入低于相同或类似条件下同类行业的企业股权转让收入的;
(5)不具合理性的无偿让渡股权或股份;
(6)主管税务机关认定的其他情形。
2、转让股权计税依据明显偏低的三种核定方法
《股权转让所得个人所得税管理办法》(国家税务总局公告2014年第67号)第十四条主管税务机关应依次按照下列方法核定股权转让收入:
(1)净资产核定法
股权转让收入按照每股净资产或股权对应的净资产份额核定。被投资企业的土地使用权、房屋、房地产企业未销售房产、知识产权、探矿权、采矿权、股权等资产占企业总资产比例超过20%的，主管税务机关可参照纳税人提供的具有法定资质的中介机构出具的资产评估报告核定股权转让收入。6个月内再次发生股权转让且被投资企业净资产未发生重大变化的，主管税务机关可参照上一次股权转让时被投资企业的资产评估报告核定此次股权转让收入。
(2)类比法
参照相同或类似条件下同一企业同一股东或其他股东股权转让收入核定;
参照相同或类似条件下同类行业企业股权转让收入核定。、
(3)其他合理方法
主管税务机关采用以上方法核定股权转让收入存在困难的，可以采取其他合理方法核定。
[案例分析：某自然人股东转让股权的涉税分析]
(1)案情介绍
2014年10月，王女士以现金100万元创办一家企业，2015年8月，王女士与李先生签订股权转让协议，协议约定：“王女士以90万元的价格低于成本价将100%股权转让给李先生。”截止转让前，被转让企业的所有者权益为150万元，其中注册资本为100万元，未分配利润和盈余公积为50万元。请进行涉税分析?
(2)涉税分析
税务机关认为该项股权转让计税依据明显偏低且无正当理由，对股权转让的计税依据进行核定，核定依据按照所有者权益150万元计算。因此，该项股权转让的财产转让所得为：150万-100万=50万。应缴纳个人所得税50万×20%=10万元。假设本案例的转让价格为120万元，如果按照申报的转让价格120万元计算，应缴纳(120-100)×20%=4(万元)个人所得税，而税务机关认为低于对应净资产份额，核定计税依据150万元，即也应缴纳个人所得税10万元。本案例说明了两种情况，一种是申报价格低于了初始投资成本，第二种是虽然高于初始投资成本，但是低于对应的净资产份额。
3、知识产权、土地使用权、房屋、探矿权、采矿权、股权等合计占资产总额比例达20%以上的企业，转让股权时，净资产额须经中介机构评估核实。
[案例分析：某房地产企业自然人股东转让股权的涉税风险分析]
(1)案情介绍
王先生持有某房地产公司M公司的60%股份，2015年2月将股份转让给李先生，转让价款为6000万元。转让前M公司的所有者权益为8000万元，其中注册资本1亿元，未分配利润为-2000万元。M公司账面上有预收房款2亿元。王先生申报个人所得税的财产转让所得为6000万元-6000万元=0。理由是按照对应的M公司净资产份额为4800万元，而转让价格为6000万元，并不低于占有M公司账面净资产份额。请问该股权转让行为存在的税收风险?
(2)涉税风险分析
知识产权、土地使用权、房屋、探矿权、采矿权、股权往往蕴含着较高的隐含增值，例如本例中虽然M公司利润为负数，那是因为地产企业预收房款尚未结转会计收入的原因，一旦结转收入将会有大量的会计利润产生，从而抬高所有者权益份额。再如股权，在成本法做账情况下，尽管被投资企业已经实现了大量利润，在被投资企业分红时，此时投资企业不做任何会计处理，因此该项股权隐含着大量的增值。由于以上原因，根据《股权转让所得个人所得税管理办法》(国家税务总局公告2014年第67号)第十二条第(一)项的规定，公司的知识产权、土地使用权、房屋、探矿权、采矿权、股权等合计占资产总额比例达20%以时，在转让股权时，应该对目标公司进行评估，按照净资产的公允价值份额核定计税依据。
本例中，假设经评估机构核实，M公司净资产公允价值为3亿元，因此张先生持有股权的转让价格应核定为3亿元×60%=1.8亿元，财产转让所得=1.8亿元-6000万元=1.2亿元，应缴纳个人所得税1.2亿元×20%=2400万元。
4、股权转让收入明显偏低，视为有正当理由的四种情形
《股权转让所得个人所得税管理办法》(国家税务总局公告2014年第67号)第十三条符合下列条件之一的股权转让收入明显偏低，视为有正当理由：
(1)能出具有效文件，证明被投资企业因国家政策调整，生产经营受到重大影响，导致低价转让股权;
(2)继承或将股权转让给其能提供具有法律效力身份关系证明的配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孙子女、外孙子女、兄弟姐妹以及对转让人承担直接抚养或者赡养义务的抚养人或者赡养人;
(3)相关法律、政府文件或企业章程规定，并有相关资料充分证明转让价格合理且真实的本企业员工持有的不能对外转让股权的内部转让;
[案例分析：职工内部转让股权的涉税分析][1]
张先生是M股份公司(一家采矿权占资产20%以上的非上市公司)实际控制人，持有M公司80%的股权，为了对员工进行长期激励，2015年1月，张先生决定以每股10元的净资产价格分别转让给10个公司高管每人10万股股票，M公司每股股票的公允价格为20元，公司章程规定，公司高管如果离职，必须按照离职上一年的公司账面净资产价格将股票卖给公司实际控制人张先生。2016年1月1日，高管李小姐离职，按照公司章程规定，将持有的10万股股票以每股15元的净资产价格转让给张先生，转让日公司净资产公允价值为25元。
分析：《股权转让所得个人所得税管理办法》(国家税务总局公告2014年第67号)第13条规定，相关法律、政府文件或企业章程规定，并有相关资料充分证明转让价格合理且真实的本企业员工持有的不能对外转让股权的内部转让，可以视为有正当理由，因此上述案例不必核定股权转让收入。事实上，此时职工持有的股票，不允许向公司外部转让，因此其转让受益权是受到限制的，因此虽然M公司的采矿权价值超过账面净资产20%以上，高管之间按照账面净资产价格转让股票是符合公平交易原则的