(4)股权转让双方能够提供有效证据证明其合理性的其他合理情形。
也就是如果将股权低价转让给以上列举以外的人，而且计税依据明显低于其对应的净资产份额的，就应该按照净资产份额确定计税依据;或者说将股权无偿赠送给配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孙子女、外孙子女、兄弟姐妹以及对捐赠人承担直接抚养或者赡养义务的抚养人或者赡养人，不需要缴纳个人所得税;如果捐赠给以上列举以外的人，则应该按照净资产份额确定计税依据，按财产转让所得缴纳个人所得税。
例如，张先生持有M公司50%股权，M公司所有者权益为1000万元，其中注册资本500万元，未分配利润和盈余公积为500万元。张先生将股权无偿赠送给了李先生，张先生和李先生不属于《股权转让所得个人所得税管理办法》(国家税务总局公告2014年第67号)公告中所列举的亲属关系。税务机关可能认为：张先生对应的净资产份额为500万元，因此其计税依据明显偏低并无正当理由，按照500-500×50%=250万元确认财产所得，从而缴纳个人所得税250万×20%=100万元的个人所得税。
5、个人转让股权原值的八种确定方法
《股权转让所得个人所得税管理办法》(国家税务总局公告2014年第67号)第十五条、十六条、十七条和十八条的规定，转让股权时，股权原值按照以下五种方法确定。
(1)以现金出资方式取得的股权，按照实际支付的价款与取得股权直接相关的合理税费之和确认股权原值;
(2)以非货币性资产出资方式取得的股权，按照税务机关认可或核定的投资入股时非货币性资产价格与取得股权直接相关的合理税费之和确认股权原值;
(3)通过无偿让渡方式取得股权，具备本办法第十三条第二项所列情形的，按取得股权发生的合理税费与原持有人的股权原值之和确认股权原值;
(4)被投资企业以资本公积、盈余公积、未分配利润转增股本，个人股东已依法缴纳个人所得税的，以转增额和相关税费之和确认其新转增股本的股权原值;
[案例分析：盈余积累转增资本后股权原值的确认分析][2]
张先生持有M公司100%股权，2015年6月，张先生将M公司100%股权以3500万元的价格转让给李小姐。转让时，投资成本1000万元，被投资企业M公司的未分配利润2000万元，盈余公积500万元，资本公积-其他资本公积500万元。被投资企业M公司净资产账面价值合计为4000万元。假设税务机关认为该项转让属于计税价格明显偏低但有正当理由，对转让价格予以认可。该笔交易李小姐按照规定扣缴了个人所得税500万元(3500-1000)×20%。2015年10月，李小姐决定将2000万元的未分配利润、500万元的资本公积-其他资本公积、250万元的盈余公积共2750万元转增注册资本。转增注册资本后，M公司的注册资本为3750万元。根据《关于个人投资者收购企业股权后将原盈余积累转增股本个人所得税问题的公告》(国家税务总局2013年第23号公告)规定，李小姐对已经纳入上次股权转让所得的2500万元做免税处理，对剩余的250万元缴纳个人所得税50万元(250×20%)。2015年12月，李小姐将M公司100%股权转让给王先生，股权转让价格4000万元。根据《股权转让所得个人所得税管理办法》(国家税务总局公告2014年第67号)第15条规定，由于被投资企业盈余积累2750万元转增资本，其中2500万元免税，250万元部分已经缴纳了个人所得税，本着税不重征的原则，应当确认股权原值为购买股权的价格3500万元加上250万元，即：3750万元。李小姐个人所得税应纳税所得额为250万元(4000万减去3750万)，应该缴纳个人所得税50万元。
(5)除以上情形外，由主管税务机关按照避免重复征收个人所得税的原则合理确认股权原值。
(6)股权转让人已被主管税务机关核定股权转让收入并依法征收个人所得税的，该股权受让人的股权原值以取得股权时发生的合理税费与股权转让人被主管税务机关核定的股权转让收入之和确认。
[案例分析：前次交易价格核定后再次转让的股权原值确认分析][3]
张先生持有M公司100%的股份，持股成本1000万元,2015年6月，张先生将股权平价转让给了李小姐。税务机关按照净资产核定法，核定股权转让收入为3000万元，李小姐按照税务机关核定的收入代扣代缴了个人所得税400万元(相关税费略)。2015年10月，李小姐再次转让股权，转让价格3100万元，税务机关认为价格合理。请确认再次转让股权时的股权原值。
按照《股权转让所得个人所得税管理办法》(国家税务总局公告2014年第67号)第16条的规定，股权转让人已被主管税务机关核定股权转让收入并依法征收个人所得税的，该股权受让人的股权原值以取得股权时发生的合理税费与股权转让人被主管税务机关核定的股权转让收入之和确认。因此，再次转让时其股权原值为3000万元，因此股权转让所得为3100万元减去3000万元。
(7)个人转让股权未提供完整、准确的股权原值凭证，不能正确计算股权原值的，由主管税务机关核定其股权原值。
(8)对个人多次取得同一被投资企业股权的，转让部分股权时，采用“加权平均法”确定其股权原值。
[案例分析：多次投资情况下股权原值的确认分析]
张先生2012年以100万元现金投资到M公司占M公司10%的股份;2013年又以200万元现金投资到M公司取得M公司10%股份;2014年张先生以300万元现金继续对M公司增资，又取得了10%股份，至此张先生持有M公司共30%的股份。2015年张先生将持有的M公司10%股份进行了转让，转让价格为400万元。请分析2015年张先生将持有的M公司10%股份进行了转让的个人所得税。
分析：根据《股权转让所得个人所得税管理办法》(国家税务总局公告2014年第67号)第18条规定，应按加权平均法确认张先生转让的M公司10%股权原值。
股权原值=[(100 +200+300)]÷30%×10%=200(万元)
应纳税所得额=400-200=200(万元)
个人所得税应纳税额=200×20%=40(万元)
法人股东转让股权的税务处理
(一)法人转让股权存在的涉税风险
《中华人民共和国企业所得税法实施条例》(中华人民共和国国务院令》第512号)第八十三条 企业所得税法第二十六条第(二)项所称符合条件的居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益，是指居民企业直接投资于其他居民企业取得的投资收益。企业所得税法第二十六条第(二)项和第(三)项所称股息、红利等权益性投资收益，不包括连续持有居民企业公开发行并上市流通的股票不足12个月取得的投资收益。
国税函[2010]79号明确转让股权收入扣除为取得该股权所发生的成本后，为股权转让所得。企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。《国家税务总局关于企业所得税核定征收有关问题的公告》(国家税务总局公告2012年第27号)第二条规定：“依法按核定应税所得率方式核定征收企业所得税的企业，取得的转让股权(股票)收入等转让财产收入，应全额计入应税收入额，按照主营项目(业务)确定适用的应税所得率计算征税;若主营项目(业务)发生变化，应在当年汇算清缴时，按照变化后的主营项目(业务)重新确定适用的应税所得率计算征税。
基于以上税收法律的规定，法人转让股权协议中的税收风险主要体现在两点：
1、被投资企业有多年累积的未分配利润和盈余公积时，法人转让股权的转让价格中含有被投资企业多年累积的未分配利润和盈余公积与转让方股东所占股权比例的乘积部分，而使股权转让价格是溢价转让从而使转让方股东多缴纳企业所得税。
2、核定应税所得率方式核定征收企业所得税的企业，发生股权(股票)转让时，按照转让收入扣除股权(股票)投资成本作为应税收入额，使企业少缴纳料企业所得税。