一、营业税:以卖出价减去买入价后的余额为计税营业额一般的股权转让和上市公司股票转让，在流转环节实施的是差异化的营业税政策，股票买卖业务属于金融商品转让，属于营业税的金融保险业税目，税率为 5%。
(一)差额征收
《营业税暂行条例》第五条第四项规定，外汇、有价证券、期货等金融商品买卖业务，以卖出价减去买入价后的余额为营业额。
(二)个人暂免征收
《关于个人金融商品买卖等营业税若干免税政策的通知》(财税〔2009〕111 号)第一条规定，对个人(包括个体工商户及其他个人)从事股票等金融商品买卖业务取得的收入，暂免征收营业税。
(三)特殊政策规定
《关于金融商品转让业务有关营业税问题的公告》(国家税务总局公告2013 年第 63 号)规定，纳税人从事金融商品转让业务，不再按股票、债券、外汇、其他四大类来划分， 统一归为 “金融商品”，不同品种金融商品买卖出现的正负差，在同一个纳税期内可以相抵，按盈亏相抵后的余额为营业额计算缴纳营业税。若相抵后仍出现负差的。可结转下一个纳税期相抵，但在年末时仍出现负差的，不得转入下一个会计年度。
二、印花税：依实际成交金额由出让方按 1‰的税率计算缴纳全国小企业股份转让系统中企业股权转让：由出让方按 1‰的税率计算缴纳证券(股票)交易印花税
《财政部国家税务总局关于在全国中小企业股份转让系统转让股票有关证券(股票)交易印花税政策的通知》(财税〔2014〕147 号)规定：在全国中小企业股份转让系统买卖、继承、赠与股票所书立的股权转让书据，依书立时实际成交金额，由出让方按 1‰的税率计算缴纳证券(股票)交易印花税。
三、个人所得税：转让新三板是否征税，需要根据转让股票性质视情而论
(一)个人股权转让所得：以股权转让收入减除股权原值和合理费用后的余额为应纳税所得额
《股权转让所得个人所得税管理办法(试行)》(国家税务总局公告 2014 年第 67 号)第三条明确规定了个人股权转让的个人所得税事宜。
1. 出售股权应按规定缴纳个人所得税。由于股权已经发生了实质上的转移，而且转让方也相应获取了报酬或免除了责任，因此属于股权转让行为，个人取得所得应按规定缴纳个人所得税。
2. 按“财产转让所得”纳税申报。
《股权转让所得个人所得税管理办法(试行)》(国家税务总局公告 2014 年第 67 号)第三条，规定了股权转所得税的计算方法。个人转让股权，以股权转让收入减除股权原值和合理费用后的余额为应纳税所得额，按“财产转让所得”缴纳个人所得税。
3. 应纳税所得额的确认。
个人转让股权，以股权转让收入减除股权原值和合理费用后的余额为应纳税所得额。其计算公式为：个人股权转让应纳税所得额 = 股权转让收入 - 股权原值 - 合理费用4. 应纳税额的计算申报。计算股权转让个人所得税的关键，是确定股权转让收入和股权原值。其计算公式为：个人股权转让应纳税额 = 应纳税所得额 × 税率 =(股权转让收入 - 财产原值 - 合理费用 )×20%
(二)流通股转让：个人转让上市公司股票所得暂免征收
《关于个人转让股票所得继续暂免征收个人所得税的通知》 (财税字 〔1998〕61 号)规定，为了配合企业改制，促进股票市场的稳健发展，经报国务院批准，从 1997 年 1 月 1 日起，对个人转让上市公司股票取得的所得继续暂免征收个人所得税。
(三)上市公司限售股转让：个人在沪交所、深交所转让上市公司股票所得免征
《关于个人转让上市公司限售股所碍征收个人所得税有关问题的通知》 (财税〔2009〕167 号)第八条明确，对个人在上海证券交易所、深圳证券交易所转让从上市公司公开发行和转让市场取得的上市公司股票所得，继续免征个人所得税。
(四)派发股息红利：分三种情形计入应纳税所得额,持股期限是指个人取得挂牌公司股票之日至转让交割该股票之日前一日的持有时间。
《关于实施全国中小企业股份转让系统挂牌公司股息红利差别化个人所得税政策有关问题的通知》(财税〔2014〕48 号)第一条明确：
1. 持股期限在 1 个月以内(含 1个月)的，其股息红利所得全额计人应纳税所得额。
2. 持股期限在 1 个月以上至 1 年(含 1 年)的，暂减按 50%计入应纳税所得额。
3. 持股期限超过 1 年的，暂减按 25% 计入应纳税所得额。上述所得统一适用 20% 的税率计征个人所得税。
(五)股息红利所得：解禁前从退市公司取得的减按 50% 计入应纳税所得额从全国股份转让系统挂牌的退市公司取得的股息红利所得，按照财税〔2012〕85 号文件的有关规定计征个人所得税。
《关于实施上市公司股息红利差别化个人所得税政策有关问题的通知》(财税〔2012〕85 号)第四条明确，对个人持有的上市公司限售股，解禁后取得的股息红利，按照本通知规定计算纳税，持股时间自解禁日起计算;解禁前取得的股息红利继续暂减按 50% 计入应纳税所得额，适用 20% 的税率计征个人所得税。
四、企业所得税：股权转让应纳税额 = 股权转让所得 × 适用税率 25%对于企业法人而言，转让新三板的股票属于财产转让范畴，应按照 25% 的税率缴纳企业所得税。
(一)股权转让所得：转让股权收入扣除为取得该股权所发生的成本后为应纳税所得额
《国家税务总局关于贯彻落实企业所得税法若干税收问题的通知》(国税函〔2010〕79 号)第三条“关于股权转让所得确认和计算问题” 规定， 企业转让股权收入，应于转让协议生效、且完成股权变更手续时，确认收入的实现。转让股权收入扣除为取得该股权所发生的成本后，为股权转让所得。企业在计算股权转让所得时，不得扣除被投资企业未分配利润等股东留存收益中按该项股权所可能分配的金额。
(二)核定征收：转让财产收入，应全额计入应税收入额
《国家税务总局关于企业所得税核定征收有关问题的公告》(国家税务总局公告 2012 年第27 号)的规定，依法按核定应税所得率方式核定征收企业所得税的企业，取得的转让股权(股票)收入等转让财产收入，应全额汁入应税收入额，按照主营项目(业务)确定适用的应税所得率计算征税;若主营项目(业务)发生变化，应在当年汇算清缴时，按照变化后的主营项目(业务)重新确定适用的应税所得率计算征税。