证监会发审委往往以“补充公告”的方式宣布取消对该公司发行文件的审核，做出这一决定的原因多半是“尚有相关事项需要进一步落实”，但是并不对外公布详情，往往引发坊间对当事公司的种种猜测。
据分析，上会前数小时被取消上会资格的同花顺，失利的主要原因是同花顺涉嫌“推荐的炒股软件属虚假宣传，诱骗股民投入升级软件”而被举报，存在影响发行的问题。作为监管部门的证监会，如果有举报就要尽量核实。
企业在日常经营活动中发生纠纷在所难免，主要是企业处理纠纷的应对能力。而且，取消这次上会资格，并不意味着企业不能再次上会。待企业补齐材料后将重新上会，并可能顺利通过。如同花顺在 2009年9月24日被取消上会资格后，于11月2日再次上会并通过发行申请，并于12月25日在创业板挂牌交易。
(八)权属纠纷的不确定性
立立电子早在2007年就向证监会递交了IPO申请材料，于2008年3月5日通过发审会审核，5月6日获得IPO核准批文并完成资金募集。但是，立立电子的上市一直倍受社会质疑，被认为掏空另一公司浙大海纳资产并二次上市。证监会在接受举报以后，调查发现立立电子在2002年部分股权交易程序上有瑕疵，存在权属纠纷的不确定性。
2009年4月3日，证监会发审委在会后事项发审委会议撤销其IPO核准批复，并要求将全部募集资金连本带利退还投资者，开了证券市场IPO申请先批后撤的先例。
(九)信息披露质量差
指拟上市企业的申请材料未按规定做好相关事项的信息披露。申请文件以及招股说明书准则是对信息披露的最低要求，作为信息披露的基本原则，企业高管应当保证所披露的信息内容真实、准确、完整、及时、公平。由于投资者更看重企业未来的盈利能力，上市企业在信息披露时，应当坦诚相待，对于对投资决策有重大影响的信息，无论准则是否有明确规定，申请人公司均应披露。否则，如果在发审委会议上被发审委委员当面指出问题要害，对上市过程的危害性反而更大。
如创业板首批上市公司神州泰岳曾在2008年冲击中小板未果，在2009年9月24日的网上路演中，神州泰岳董事长王宁对投资者表示，中小板未通过是因为“对审核所关心的问题理解不充分，回答陈述不够清楚，信息披露不够完整，导致委员有不同意见。但是公司本身不存在持续盈利能力及规范运作方面的问题”。
此外，因为信息披露质量差而被否决的案例，还包括某申请企业在成立之初设计一套“动态的股权结构体系”，把内部员工股东分为三档，股东每退一个档次，折让50%的股份给公司，作为公司的共有股权。为此公司出现过股份待持和多次内部股权转让，但申请材料中对历次股权转让的原因披露不准确、不完整，且未披露股东代持股的情形。
(十)财务会计问题
主要指企业滥用会计政策或会计估计，涉嫌通过财务手法粉饰财务报表。如2009年12月23日被否决发行申请的华西能源工业股份有限公司，在上市前就遭到上海国家会计学院教师郑朝晖(夏草)的质疑，夏草在博客中表示，在2006年到2009年上半年，公司营业收入及净利润呈增长态势，但是同期的应收账款及存货同样高速增长，而预收账款大幅下降，而华西能源主要采用建造合同确认锅炉收入。由于应收账款的上升并不意味着同期经营活动产生的现金流的增加，且存货将影响未来收益。
夏草同样指出，华西能源的职工工资薪酬和所得税费用在报告期内逐年下降，而一般的经验是，如果企业处于持续增长时期，这两项指标应该逐年上升。综合多种疑问，结果表明华西能源有操纵报告期内收益的嫌疑。因此，企业如果在准备上市的过程中出现业绩滑坡，应当暂缓上市步伐，待经营好转以后再择机上市。如果企业股东迷恋于股市火爆的“创富神话”或者迫于资金短缺的压力铤而走险仓促上市，遭遇上市失败，难免偷鸡不成蚀把米。
(十一)主体资格存在缺陷
这方面的问题，主要体现在历史出资瑕疵、历史股权转让瑕疵、实际控制人认定不准确和管理层变动4个方面。
历史出资瑕疵。出资瑕疵常见于出资人未足额出资或出资的财产权利有瑕疵的情况，包括未足额出资、实物出资(如土地)没有办理过户手续或者交付实物、股东出资与约定出资不符、作为出资的实物或者非货币财产的价格明显不足等情况。如2008年被发审委否决的个案是，首发申请企业存在无形资产出资问题，公司控股股东以原由申请人无偿使用专利和非专利技术经评估作价2.16亿元向申请人前身增资。该公司设立时，控股股东已将其所属科研部门投入该公司，相关专利及非专利技术已由前身公司及改制后的申请人掌握并使用多年，并已经体现在申请人过往的经营业绩中。因此，相关无形资产作价增资存在瑕疵。历史股权转让瑕疵。由于不少拟上市企业是经国有企业或者集体所有制企业改制而来，其国有股权或者内部员工股权在转让过程中，往往出现瑕疵。如国有股权转让，企业应当考虑是否获得国有资产主管部门的书面批准。法律法规规定上市前职工持股人数超过200人的，一律不准上市;存在工会持股、持股会以及个人代持等现象的公司也不准上市。而在内部员工持股的清理过程中，IPO申请公司很容易因为各种利益问题在上市过程中被举报或遭受质疑。此外，某些 BVI构架的红筹公司在转为内地上市的过程中，也要注意股权转让问题。如深圳海联讯科技股份有限公司未能过会，外界普遍猜测的被否原因是由于海外上市未果，转为在国内上市，在企业类型由外资公司变更为内资公司时，由于BVI股权构架的问题，股权交易复杂且存在瑕疵。
实际控制人认定问题。未过会的北京福星晓程招股说明书(申报稿)显示，汉川市钢丝绳厂直接和通过福星生物医药间接持有的公司股份为41.97%，为公司实际控制人。问题是，福星晓程的主营业务则是集成电路产品的生产与销售，实际控制人对公司业绩提升没有明显作用。而公司第二大股东程毅作为总经理，则全面负责公司经营管理工作，且公司成立时的核心技术“电力线扩频通信调制/解调(PL2000)系列芯片”是由程毅投入，因此市场猜测，程毅才是福星晓程真正的实际控制人，公司实际控制人认定不够准确。
管理层重大变动。《首次公开发行股票并在创业板上市管理暂行办法》中第二章第十三条明确规定:“发行人最近两年内主营业务和董事、高级管理人员均没有发生重大变化,实际控制人没有发生变更。”而被否决的天津三英焊业，根据其招股说明书(申报稿)显示，2009年1月12日，两名董事朱树文、卢迅代替。因工作变动辞职的李琦、覃西文，进入董事会。此事距离申请上市不到一年，这一做法直接有悖于证监会规定。
(十二)独立性问题
如未过会的东方红航天生物技术公司，据招股说明书(申报稿)，在2006年、2007年的前两大客户中，上海寰誉达生物制品有限公司系公司董事邱斌配偶张莉控股的公司，2006年销售第二大客户上海天曲生物制品有限公司系邱斌控制的公司，其销售收入占航天生物同期销售收入的80%以上。虽然航天生物已经声明上述两家公司已在2009年开始注销，但是仍然难免利益输送嫌疑。
而对苏州通润驱动公司被否的质疑声，则是根据其招股说明书(申报稿)显示其兄弟公司常熟市千斤顶铸造厂为其主要供应商，报告期内，2006～2008年来自铸造厂的采购金额在总金额中的占比一直高达12%以上，上市前的2009年上半年才降至9.1%。而且通润驱动的董事、监事均在关联企业任职。
(十三)盈利能力问题
第一是业绩依赖严重，如税收依赖和关联方依赖。前者的问题常见于科技创新型企业，这是因为高科技企业往往在一定时期内享受增值税退税、所得税减免等税收优惠。有些业绩看起来不错的企业往往在剔除税收优惠后，业绩表现平平或者不升反降。