一、 主板券商不得推荐申请挂牌公司股票挂牌的情形
第一，主办券商直接或间接合计持有申请挂牌公司百分之七以上的股份，或者是其前五名股东之一;
第二，申请挂牌公司直接或间接合计持有主办券商百分之七以上的股份，或者是其前五名股东之一;
第三，主办券商前十名股东中任何一名股东为申请挂牌公司前三名股东之一;
第四，主办券商与申请挂牌公司之间存在其他重大影响的关联关系。
二、新三板的行业限制
《国务院决定》及《业务规则》等法律法规、规则均未对申请挂牌公司所属行业做明确限制，但《国务院决定》强调：“全国股份转让系统是经国务院批准，依据证券法设立的全国性证券交易场所，主要为创新型、创业型、成长型中小为企业发展服务”。股转系统鼓励高新技术产业、现代服务产业、高端装备制造产业等创新强度高、成长空间大的战略性新兴产业及新兴业态企业申请挂牌，同时也欢迎传统行业企业的挂牌申请。
三、区域股权转让市场挂牌的公司申请在新三板挂牌的特殊程序
根据《国务院决定》相关规定，在符合《国务院关于清理整顿各类交易场所切实防范金融风险的决定》(国发〔2011〕38号)要求的区域性股权转让市场进行股权非公开转让的公司，符合挂牌条件的，可以申请在全国股份转让系统挂牌公开转让股份。
对于在已通过国务院清理整顿各类交易场所部际联席会议检查验收的区域性股权转让市场挂牌的公司，申请在全国股份转让系统挂牌前须暂停其股份转让(或摘牌);取得全国股份转让系统公司出具的同意挂牌的函后，必须在办理股份初始登记前完成在区域性股权市场的摘牌手续。(在一般的区域性股权转让市场挂牌的公司：先拿到同意函，再摘牌)
对于在《国务院决定》发布之前，已在尚未通过国务院清理整顿各类交易场所部际联席会议检查验收的区域性股权转让市场挂牌的公司，须在申请挂牌前完成摘牌手续，由主办券商和律师核查其在区域性股权市场挂牌期间是否符合国发〔2011〕38号的规定，并发布明确意见。(《决定》发布之前就在不正规交易所挂牌的公司：先摘牌，后申请挂牌)
对于在《国务院决定》发布之后，在尚未通过国务院清理整顿各类交易场所部际联席会议检查验收的区域性股权转让市场挂牌的公司，全国股份转让系统公司将在该区域性股权转让市场通过国务院清理整顿各类交易场所部际联席会议检查验收后受理其挂牌公开转让的申请。(《决定》发布之后就在不正规交易所挂牌的公司：交易整顿好后，再提交挂牌申请)
四、挂牌前办理过股权质押手续的公司申请在新三板挂牌的注意事项
第一，《全国中小企业股份转让系统股票挂牌条件适用基本标准指引(试行)》中规定，申请挂牌公司股权应结构明晰，权属分明，真实确定，合法合规，股东特别是控股股东、实际控制人及其关联股东或实际支配的股东持有公司的股份不存在权属争议或潜在纠纷。挂牌前，申请挂牌公司的股东可为公司贷款提供股权质押担保，贷款用途为公司日常经营，履行公司决议程序，订立书面质押合同，依法办理出质登记。只要不存在股权纠纷和其他争议，原则上不影响其挂牌。对于存在股权质押情形的，申请挂牌公司应在《公开转让说明书》中充分披露。(为公司正常股权质押担保，履行决议程序、质押程序合法、不存在其他纠纷，充分披露即可，不影响挂牌)
第二，《中国结算北京分公司证券发行人业务指南》规定，质押冻结或司法冻结的股份办理股份初始登记时，除需提供常规申报材料外，还须提供质押冻结或司法冻结的相关材料。其中，司法冻结的应提供协助执行通知书、裁定书、已冻结证明等材料及复印件;质押冻结的应提供质押登记申请书、双方签字的已生效的《质押合同》、质押双方有效身份证明文件、已冻结证明等材料及复印件。中国结算北京分公司在完成证券登记后根据发行人的申请办理相关质押冻结、司法冻结手续，即申请挂牌公司应先完成股份初始登记(包括股份首批解除限售)，取得《股份登记确认书》后，再申请办理质押冻结、司法冻结手续。(如果有股权质押情形，要在中证登北分多办理几道手续，确保没有纠纷，否则办手续的时候会出问题)
第三，质押冻结股份的限售及解除限售应按照《公司法》及《全国中小企业股份转让系统业务规则(试行)》中的规定办理。满足解除限售条件的质押冻结股份可办理股份解除限售。《中国结算北京分公司证券发行人业务指南》中规定，当解除限售涉及被冻结股份的，被冻结股份不可分拆，只能作为一个整体办理解除限售。
五、财务报表的有效期
为更好地服务于企业，提升审查服务理念，避免企业集中申报，我们不强制要求最近一期财务报表必须以季度、半年度或者年度报表为准，可以任意月度报表为准，但其最近一期审计截止日不得早于改制基准日。财务报表有效期为最近一期审计截止日后6个月内，特殊情况下可申请延长至多不超过1个月;特殊情况主要是指企业办理信息披露、股份登记等挂牌手续事宜。
为提高工作效率，保证项目审查进度，希望申请挂牌公司、主办券商及其他中介机构根据财务报表有效期和审查时间统筹规划，合理安排申报时间。申请挂牌公司递交申请文件时至财务报表有效期截止日短于2个月的，申请挂牌公司、主办券商及其他中介机构应做好有可能补充审计的准备。为做到审查流程的公平、公正，对于补充审计的申请材料我们将以补充审计回复时间为准安排后续审查程序。(根据2014年4月2日股转系统的培训纪要,平均的审核周期差不多是2个月)
六、关于新三板独立董事
全国中小企业股份转让系统对申请挂牌公司是否设立独立董事未做强制要求，申请挂牌公司可根据自身企业特点制定相关规定。
七、关于新三板股权激励
挂牌公司可以通过定向发行向公司员工进行股权激励。挂牌公司的董事、监事、高级管理人员和核心员工可以参与认购本公司定向发行的股票，也可以转让所持有的本公司股票。挂牌公司向特定对象发行股票，股东人数累计可以超过200人，但每次定向发行除公司股东之外的其他投资者合计不得超过35人。因此，挂牌公司通过定向发行进行股权激励应当符合上述规定。需要说明的是，按照规则全国股份转让系统允许存在股权激励未行权完毕的公司申请挂牌。(股转系统对股权激励对象的数量实际上未设上限，股权激励未行权完毕是可以的，但激励方案要逐条看清楚，确保不出现潜在纠纷)
八、新三板会计师事务所的业务资质
对于企业股改的会计师事务所是否具有证券、期货相关业务资格，全国股份转让系统公司无强制性要求;但申请挂牌时向我司提交的财务报告应当经具有证券、期货相关业务资格的会计师事务所审计。(律师事务所没有业务资质要求;根据2014年4月2日股转系统的培训纪要，律师的法律意见书可以由分所出报告，但会计师的审计报告必须由总所18911835315出具)
九、关于持续督导协议书
股转系统官网上的《持续督导协议书》模板为参考文本，主办券商与挂牌公司协商一致，可根据实际情况在不违反持续督导基本原则的基础上进行细化、丰富。